寫在前面
前述，我們已經(jīng)對IGV進(jìn)行了超過三次改造，同時我也寫了三個推送遥金。寫IGV改造系列推送的主要原因，事實是作為課題組成員使用改造的IGV時的參考教程蒜田。
在上一次RNAfold的窗口上稿械，我們增加了二級結(jié)構(gòu)上每個堿基覆蓋深度的深淺著色。依據(jù)慣例冲粤，我會發(fā)一條朋友圈美莫，同時附上評論信息：似乎已經(jīng)沒有特別值得改造的地方了。天真如我梯捕，我收到了這么一個評論：
增加實時計算Track的繁瑣之處
在IGV中厢呵，伴隨窗口滑動，實時更新的Track主要有三個：
- Alignment傀顾，即reads的比對位置（這個是默認(rèn)的Track）
- Coverage襟铭，覆蓋率，只要是輸入測序數(shù)據(jù)bam/sam文件，那么可以調(diào)出這個Track
- Junction寒砖，read的斷開位置的Track赐劣，可以很好的判斷可變剪接或SV
實現(xiàn)這類Track的繁瑣有二：1. 數(shù)據(jù)的獲取和整理；2. Track的初始化和菜單的增加和調(diào)整
在前述哩都，我們已經(jīng)增加過一個ReadLenTrack魁兼，實現(xiàn)的過程是，獲取當(dāng)前區(qū)域所有的alignment信息漠嵌，重新整理計算咐汞，隨后更新。
而菜單的增加和調(diào)整献雅，需要參考CoverageTrack....
在ReadLenTrack經(jīng)驗的基礎(chǔ)上碉考，我們可以簡單一些地基于上次修改的位置，添加PhasScoreTrack.
PhasScoreTrack的開啟方式
時間有限挺身，我暫時并沒有像ReadLenTrack一樣侯谁，增加不同Track之間的互相開啟關(guān)閉摁鈕。在這次修改中章钾，我僅僅在Alignment Track的右鍵菜單上增加一個開關(guān)墙贱。如下
從圖中可見，綠色箭頭對應(yīng)的是前述增加的ReadLenTrack贱傀。從ReadLenTrack來看惨撇，這是一個非常明顯的21nt的Phas位點(diǎn)；紅色箭頭對應(yīng)的是本次增加的PhasScoreTrack府寒。開啟這個Track時魁衙，我們可以看到21nt的Phasing Score顯示。伴隨窗口的移動株搔，會進(jìn)行實時計算并展示剖淀。
相關(guān)使用方式
植物的phasiRNAs主要有21nt 和 24 nt的兩類，但我們并不能保證纤房，不存在22nt 更或者是 23 nt的... 于是在PhasScoreTrack的右鍵菜單纵隔，我們增加一個調(diào)整功能，用戶可調(diào)整PhasLen炮姨，以從不同的phas長度觀測數(shù)據(jù)
寫在后面
......我想捌刮，IGV改造應(yīng)該暫時告一段落了。事實上舒岸，有一個增加了的可以極大地加速sRNA數(shù)據(jù)可視化的隱藏功能绅作，我暫時沒有推出。留作后續(xù)調(diào)整蛾派。
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修改版IGV的獲取方式
近日有多個朋友聯(lián)系過來河闰，想要使用這個改造后的IGV。嗯...
我個人的想法是：
- 付費(fèi)褥紫，如資助XiaLab課題組出游一次姜性，大體價格是3K，那么將獲得本年度（如果還有更細(xì)的話）的我經(jīng)手的IGV更新功能髓考。
- 直接聯(lián)系課題組PI即RX獲取部念，課題組主頁為 http://xialab.scau.edu.cn/
