我一直都相信啃炸，
只要有足夠長(zhǎng)的時(shí)間崭放，沒(méi)有什么事情是我們做不到的。
我也明白担平，
人的生命是有限的李剖，所以追求的東西應(yīng)該盡可能少芒率。
我只是沒(méi)想到，
很多時(shí)候篙顺，不是你沒(méi)時(shí)間偶芍，而是你身邊的人，等不了德玫。而事實(shí)上匪蟀，你也等不了。
感傷是沒(méi)有意義的宰僧。
無(wú)論何時(shí)何地萄窜，保持往前行進(jìn)，總是對(duì)的。

寫(xiě)在前面

在前述的推文查刻，我已經(jīng)分享了《任何人键兜，如何改造IGV基因組瀏覽器》。但是似乎穗泵，并沒(méi)有太多人感興趣普气。當(dāng)然，這個(gè)也并不值得Care佃延，畢竟不是每個(gè)人都有時(shí)間做一個(gè)自己需要的工具现诀。
前述我已經(jīng)提過(guò)，設(shè)計(jì)履肃，實(shí)現(xiàn)了兩個(gè)我自己其實(shí)并不滿意的瀏覽器仔沿，所以我最終還是決定直接改造IGV。
浪費(fèi)了兩天時(shí)間尺棋，終于基本可以認(rèn)為是封锉，完成了一個(gè)兩年前就計(jì)劃做的事情。
這個(gè)事情膘螟，也是現(xiàn)在的博導(dǎo)與我剛認(rèn)識(shí)不久成福，就討論到的一個(gè)事情。
可能時(shí)間確實(shí)能解決以前荆残。兩年前奴艾，做不到的事情；現(xiàn)在并沒(méi)有覺(jué)得太過(guò)復(fù)雜就折騰好了内斯。

改造IGV的初衷

關(guān)注過(guò)sRNA測(cè)序數(shù)據(jù)分析蕴潦，尤其是相對(duì)高水平的植物小RNA相關(guān)論文，那么應(yīng)該見(jiàn)過(guò)類似下圖俘闯。

兩年前，博導(dǎo)與我商量赶么，猜想著肩豁，是否有可能，在IGV上直接展示這類點(diǎn)圖，那么一方面高效清钥，另一方面直接得到矢量圖琼锋。那會(huì)他的設(shè)想是改造IGV，我的設(shè)想是自己從頭寫(xiě)一個(gè)祟昭。中間的插曲是缕坎，我花了大半天，確實(shí)是改造了一個(gè)看起來(lái)能用的IGV篡悟，其實(shí)有問(wèn)題谜叹。后續(xù)，我們都沒(méi)有再提起這個(gè)事情搬葬。但這個(gè)想法荷腊，我從來(lái)就沒(méi)有放下過(guò)。為此急凰，我在寫(xiě)JIGplot圖形引擎的時(shí)候女仰，都是不時(shí)地會(huì)考慮一些可以用在基因組瀏覽器的部件。
總的來(lái)說(shuō)香府，兩戰(zhàn)兩敗董栽，無(wú)論我怎么寫(xiě)，再有看起來(lái)不錯(cuò)的特性企孩，始終感覺(jué)無(wú)法超過(guò)IGV锭碳。只能認(rèn)慫，重新回來(lái)改造IGV勿璃。于是有了以下功能擒抛。

sRNA測(cè)序數(shù)據(jù)的readLen點(diǎn)圖

在IGV中，每一個(gè)BAM或者SAM文件導(dǎo)入之后补疑，可以實(shí)時(shí)生成一個(gè)Coverage Track歧沪，如果是RNAseq數(shù)據(jù)的話，那么也還可以實(shí)時(shí)生成一個(gè)Juncitons Track莲组。這兩類Track在大多數(shù)數(shù)據(jù)分析中都是有用的诊胞，如

由于村象，我們?cè)黾拥囊粋€(gè)新的Track類型，所以整體上攒至，他的使用與CoverageTrack是類似的厚者。于是可以在不查看Alignment的時(shí)候，同時(shí)可視化多個(gè)BAM文件迫吐，進(jìn)行不同樣本之間的比較库菲。如

可以看出，第一個(gè)樣品右側(cè)的locus上24nt的reads相對(duì)于其他樣品多志膀，或許是甲基化高頻區(qū)域熙宇。

功能的調(diào)出

開(kāi)啟這個(gè)Track的方式，與Coverage的開(kāi)啟和關(guān)閉是類似的溉浙，

另外的烫止，當(dāng)然也只是AutoScale（上圖均用的SetDataRange...）

寫(xiě)在后面

事實(shí)上，也有不少其他增加的功能戳稽。留待后續(xù)再推馆蠕。
距離人生大事，有十天時(shí)間惊奇』ス總的來(lái)說(shuō)，整體上這個(gè)事情赊时，麻煩了雙方家人較多事情吨铸，后續(xù)也要麻煩很多的親朋好友行拢。
這幾天邀請(qǐng)了一些朋友祖秒，也忘了邀請(qǐng)一些朋友，也不敢邀請(qǐng)一些朋友。
這似乎是一個(gè)比較復(fù)雜的事情竭缝。不邀請(qǐng)的房维，或許會(huì)擔(dān)心朋友覺(jué)得你沒(méi)把他放在心上；邀請(qǐng)的抬纸，則會(huì)擔(dān)心朋友不好意思拒絕而不得不（請(qǐng)假并趕去）參與咙俩。我最后是更多的選擇不邀請(qǐng)。
當(dāng)然湿故，這個(gè)過(guò)程中阿趁，我也重新審視了自己過(guò)去的時(shí)間里面，與認(rèn)識(shí)的人之間的交往方式坛猪。事實(shí)上脖阵，我發(fā)現(xiàn)，我的朋友確實(shí)很少墅茉；尤其是碩士以前命黔，這主要是我個(gè)人始終沒(méi)搞明白，到底人與人之間的交往就斤，如果才是正確悍募。或者直白一些說(shuō)洋机，我似乎很少真誠(chéng)地對(duì)待確實(shí)將我視作朋友的人坠宴。
碩士以后，我認(rèn)識(shí)了現(xiàn)在的女朋友绷旗，我才真正明白啄踊，其實(shí)每個(gè)人都可以過(guò)得很真實(shí)，并沒(méi)有必要去擔(dān)心太多其他人的想法和看法刁标〉咄ǎ或者簡(jiǎn)單地說(shuō)，還是要活出自己膀懈。更或者通俗地說(shuō)顿锰，“人活著，最重要的是開(kāi)心”启搂。
總的來(lái)說(shuō)硼控，或許我認(rèn)知內(nèi)，朋友之間的交往胳赌，應(yīng)該是一個(gè)真心換真心的過(guò)程牢撼。而是否真誠(chéng)，其實(shí)一兩次交談便可以知曉疑苫。