導(dǎo)讀

上一篇：宏基因組分箱（一）Megahit組裝和QUAST質(zhì)量評(píng)價(jià)。分箱工具有很多杏愤，我為什么選擇Metabat2呢靡砌？請(qǐng)見(jiàn)：宏基因組最佳分箱工具M(jìn)etabat2。下面是Metabat2分箱的步驟：1. 建索引珊楼；2. 比對(duì)通殃；3. sam2bam；4. bam2sorted.bam厕宗；5. 計(jì)算contig深度画舌；6. 分箱；7. 結(jié)果已慢。

一曲聂、建索引

使用bowtie2的bowte2-build功能給測(cè)序數(shù)據(jù)組裝得到的contig建索引文件，用于比對(duì)佑惠。

time bowtie2-build -f final.contigs.fa final --threads 16

-f：輸入文件
[final]：輸出文件前綴
--threads：線程
time：計(jì)時(shí)
--large-index：force generated index to be 'large', even if ref has fewer than 4 billion nucleotides

二朋腋、比對(duì)

使用bowtie2比對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)和contig。

time bowtie2 -1 ALL_READS_1.fastq -2 ALL_READS_2.fastq -p 16 -x final -S final.sam

-1：上有序列
-2：下游序列
-p：處理器
-x：索引文件前綴
-S：比對(duì)結(jié)果sam文件
time：計(jì)時(shí)

三膜楷、格式轉(zhuǎn)換：SAM > BAM

使用samtools將sam文件轉(zhuǎn)換成bam文件旭咽。

time samtools view -@ 16 -b -S final.sam -o final.bam

-@：線程
-b：輸出格式為BAM
-S：自動(dòng)檢測(cè)輸入格式
-o：輸出文件
time：計(jì)時(shí)

四、BAM排序

使用samtools排序bam文件獲得sorted.bam文件赌厅。

time samtools sort -@ 16 -l 9 -O BAM final.bam -o final.sorted.bam

-@：線程
-l：壓縮等級(jí)0-9穷绵，0是不壓縮，9最高
-O：輸出格式可選SAM, BAM, CRAM
-o：輸出文件
time：計(jì)時(shí)

五特愿、計(jì)算contig深度

以上一步得到的sorted.bam文件為輸入请垛，用Metabat2中自帶的jgi_summarize_bam_contig_depths程序計(jì)算contig深度催训。

time jgi_summarize_bam_contig_depths --outputDepth final.depth.txt final.sorted.bam

--outputDepth：輸出文件
[final.sorted.bam]：輸入文件

六、分箱

time metabat2 -m 1500 -t 16 -i final.contigs.fa -a final.depth.txt -o all -v

-m：最小contig長(zhǎng)度
-t：線程
-i：contig文件
-a：contig深度
-o：輸出文件路徑和前綴
-v：?jiǎn)履Ｊ?br> time：計(jì)時(shí)

七宗收、分箱結(jié)果

分箱其實(shí)就是利用核苷酸頻率和豐度模式將序列組裝得到的contig打包分類的過(guò)程漫拭，所以分箱結(jié)果就是一堆contig的fasta文件如下：

-rw-rw-r-- 1 cheng WST 3489348 9月  26 17:05 all.10.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST  429510 9月  26 17:05 all.11.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST  268311 9月  26 17:05 all.12.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 1588561 9月  26 17:05 all.13.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST  388664 9月  26 17:05 all.14.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 1499768 9月  26 17:05 all.15.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST  546539 9月  26 17:05 all.16.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST  634631 9月  26 17:05 all.17.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 1051141 9月  26 17:05 all.18.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 2150085 9月  26 17:05 all.1.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST  237183 9月  26 17:05 all.2.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 2181418 9月  26 17:05 all.3.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST  982074 9月  26 17:05 all.4.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 1716234 9月  26 17:05 all.5.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 1649397 9月  26 17:05 all.6.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 1759432 9月  26 17:05 all.7.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 1386934 9月  26 17:05 all.8.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST  487116 9月  26 17:05 all.9.fa

打開(kāi)一個(gè)看看：

less -S all.1.fa
# 如下：

>k93_1756
AAATTCTCTCTTAAAGTTTAACTTTACATTAATTGTTTCTTTACTCTAACAAAGTGCAAA
TATATTAATAAAACTGAAACGAACAACTATTTTATTGAAAAAACCTTGTAAATCTATCAA
TTTGTTAATTAAACATGCCACTTTATGCTTAATAACAGATTTTTCACACTTAAAAAACCT
>k93_2772
GAGCGTGGTAACGAGATGAGCCAGGTTCTTGAGGAATTCTCAGAGCTTATTGACCCAAAG

相關(guān)閱讀：
宏基因組分箱（一）Megahit組裝和QUAST質(zhì)量評(píng)價(jià)