conda的下載格带、安裝老充、激活與使用
下載
用 wget命令下載
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
網(wǎng)址可以百度conda鱼响，在清華鏡像網(wǎng)站上找到
下載之前可以用 uname -a命令查看服務器是多少位的
安裝
使用命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
最后出現(xiàn)Thank you for installing Miniconda3!表示安裝成功
激活
安裝結束后使用source ~/.bashrc激活conda
激活后輸入conda查看黔牵，如果出現(xiàn)滿屏的信息說明激活成功
<mark style="box-sizing: border-box; background: rgb(255, 255, 0); color: rgb(0, 0, 0);">添加鏡像</mark>(相當于給conda添加下載的網(wǎng)址)
使用中科大的鏡像 conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes
使用
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查看當前下載的軟件
conda list
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安裝軟件
conda install fastqc -y
默認安裝最新版本辕宏，但是有的軟件新版本bug比較多辑舷，可能需要用到老版本,如果要指定版本號，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
查看軟件是否安裝成功 可以使用幫助文檔汽纤，只有能正常使用的軟件可以查看幫助文檔 fastqc --help(<mark style="box-sizing: border-box; background: rgb(255, 255, 0); color: rgb(0, 0, 0);">此處--必須是兩個</mark>)
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卸載軟件
使用命令 conda remove fastqc -y
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查看conda環(huán)境
conda info –envs
想要改變環(huán)境變量上岗，以rna-seq為例
先建立一個****名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3蕴坪，安裝軟件fastqc肴掷、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
激活新的環(huán)境變量 conda activate rna-seq
退出當前環(huán)境 conda deactivate
