今天整理下數(shù)據(jù)锉屈，

基因信息堕扶，這里拆分開(kāi)了丰滑，因?yàn)橹恍枰鹗嘉恢眯畔⒄耍赃@個(gè)可以用gff的注釋信息代替

基因單倍型信息

需要整理成的格式

#將當(dāng)前文件夾下所有".CDS.haplo"文件的后綴去掉璃谨，并將"t"改成“g“曼氛，"-"后的數(shù)字也去掉
for file in *.CDS.haplo; do
    new_name=$(echo $file | sed 's/\.CDS\.haplo$//; s/t/g/; s/-[0-9]*//')
    mv "$file" "$new_name"
done

###讀取所有基因
cat Os |while read id 
do 
perl -ne 'chomp; @cols = split(/\t/); @samples = split(/\|/, $cols[3]); foreach $sample (@samples) { print "$sample\t$cols[0]\n"; }'  $id |sort -V >Oshap/$id
done

改成樣本和hap一一對(duì)應(yīng)

###腳本其實(shí)有點(diǎn)問(wèn)題剂碴，后面調(diào)整下就行
use strict;
use warnings;

# 獲取當(dāng)前文件夾所有Os開(kāi)頭的文件名
my @files = glob("Os*");

# 存儲(chǔ)每個(gè)樣本的單倍型信息
my %sample_data;

# 讀取每個(gè)文件并按樣本名合并數(shù)據(jù)
foreach my $file (@files) {
    open(my $fh, '<', $file) or die "Cannot open file $file: $!";
    while (my $line = <$fh>) {
        chomp $line;
        my ($sample, $haplotype) = split("\t", $line);
        $sample_data{$sample} .= "\t$haplotype";
    }
    close($fh);
}

# 獲取所有樣本名
my @samples = keys %sample_data;

# 輸出文件名
my $output_file = "combined_data_samples.txt";

# 打開(kāi)輸出文件
open(my $output_fh, '>', $output_file) or die "Cannot create output file: $!";

# 寫(xiě)入表頭
print $output_fh "Sample\t" . join("\t", @samples) . "\n";

# 寫(xiě)入每個(gè)樣本的單倍型信息
foreach my $sample (@samples) {
    print $output_fh "$sample$sample_data{$sample}\n";
}

close($output_fh);

print "數(shù)據(jù)合并完成喉前，已保存到$output_file 文件\n";

#提取位置
perl /public/home/fengting/scripts/gene_family/get_gw.pl -in1 new_file.txt -in2 ../NIP_maker.gff  -out weiz/weiz

NIP的注釋里沒(méi)有這個(gè)基因没酣？？

實(shí)際提取的位置信息要少很多卵迂？

合并基因信息

use strict;
use warnings;

# 獲取當(dāng)前文件夾所有txt文件
my @files = glob("*.txt");

# 存儲(chǔ)合并后的數(shù)據(jù)
my $merged_data = "";

# 讀取每個(gè)txt文件并合并數(shù)據(jù)
foreach my $file (@files) {
    open(my $fh, '<', $file) or die "Cannot open file $file: $!";
    while (my $line = <$fh>) {
        $merged_data .= $line;
    }
    close($fh);
}

# 輸出文件名
my $output_file = "merged_data.txt";

# 打開(kāi)輸出文件
open(my $output_fh, '>', $output_file) or die "Cannot create output file: $!";

# 寫(xiě)入合并后的數(shù)據(jù)
print $output_fh $merged_data;

close($output_fh);

print "數(shù)據(jù)合并完成裕便，已保存到$output_file 文件\n";

就這樣吧，位置信息后面可以整合