11.2 GWAS流程學(xué)習(xí)

主要使用plink和structure：

1、在snp-calling后得到vcf文件

2、基因型填充： http://www.reibang.com/p/dafd1e6e4a98? ?使用beagle

3叭喜、數(shù)據(jù)質(zhì)量控制 MAF -geno -mind

4咒林、預(yù)處理 kinship（個(gè)體間的親緣關(guān)系） PCA?

? ? 之后使用GLM+PCs矯正

5肆资、關(guān)聯(lián)分析

t-test? anova

case-control :卡方? ?OR? ?logistic

quantative： GLM MLM? EMMAX? fast-LMM

6造虏、Bonferroni

7、可視化

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