滴滴滴~~~第三天打卡 (￣︶￣)
今天的主要內(nèi)容是學(xué)會在linux環(huán)境下安裝軟件
準備工作
- 檢查有沒有bzip2軟件
輸入bzip2，查看有無此軟件酬姆，沒有的話安裝一個嗜桌。
軟件管理Miniconda
相當(dāng)于App store
- 下載
- 瀏覽器搜索“miniconda”網(wǎng)站，復(fù)制python3.6對應(yīng)的版本下載鏈接辞色；
- 代碼輸入 wget 和鏈接骨宠，回車下載：
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh - 下載完成后安裝： bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ，按提示操作相满，有需要的地方輸入yes层亿；
- 激活conda：source ~/.bashrc
- 測試是否安裝成功：輸入conda會出現(xiàn)參數(shù)等信息，說明成功立美；
-
添加國內(nèi)鏡像
復(fù)制粘貼輸入以下代碼
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes - 使用conda
- 查看當(dāng)前所有軟件列表匿又，命令： conda list
- 搜索軟件命令： conda search 軟件名
例fastqc ： conda search fastqc - 安裝軟件，命令： conda install fastqc -y
參數(shù) -y 是自動安裝
可安裝指定版本悯辙，默認安裝最新版本 - 卸載軟件琳省，命令： conda remove fastqc -y
- conda環(huán)境
-
查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境迎吵，命令：conda info --envs
前面帶*的就是默認的
image.png 新建立conda環(huán)境，然后指定python版本是3：
conda create -n rna-seq python=3激活新的conda環(huán)境：
source activate rna-seq
這時默認的*就會轉(zhuǎn)移到rna-seq前面针贬，用戶名root前面出現(xiàn)了(rna-seq)击费；安裝軟件fastqc、trimmomatic桦他，可以和建立環(huán)境一起進行：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y卸載某環(huán)境中的軟件
conda remove -n rna-seq fastqc -y卸載環(huán)境（全部卸載）
conda remove -n rna-seq --all退出當(dāng)前環(huán)境
source deactivate
注意啦：卸載環(huán)境的時候蔫巩，需要先退出當(dāng)前環(huán)境！
