還記得之前一直有同學(xué)問(wèn)裸违，如何在一張圖上同時(shí)展示兩個(gè)基因的表達(dá)情況呢岗，方便比較湃鹊，今天我們來(lái)實(shí)現(xiàn)一下
library(Seurat)
Seurat_obj = readRDS('rds文件')
FeaturePlot(pbmc, features = c('BPREB3','HLA-DRA'), blend = TRUE)
SCS2502_Cluster_5_co-expression.png
這里我隨便挑選了兩個(gè)基因儒喊，但是大家在做分析的時(shí)候，這兩個(gè)基因最好是細(xì)胞通訊得到的配受體對(duì)币呵，這樣就可以在一張UMAP圖上看到配體和受體的表達(dá)關(guān)系了怀愧。
空間圖上同時(shí)展示兩個(gè)基因的表達(dá)情況
library(Seurat)
Seurat_obj = readRDS('rds文件')
coor = data.frame('UMAP_1'= Seurat_obj@images$image@coordinates$imagerow , 'UMAP_2' = Seurat_obj@images$image@coordinates$imagecol)
rownames(coor) = colnames(Seurat_obj)
coor = as.matrix(coor)
Seurat_obj@reductions$umap@cell.embeddings = coor ###空間位置的坐標(biāo)替換了UMAP坐標(biāo)
FeaturePlot(Seurat_obj, features = c('Pecam1','Cd38'), blend = TRUE) ##這里選擇了配受體對(duì)
圖片.png
效果不錯(cuò)吧
生活很好，等你超越
