python安裝導(dǎo)入openslide報(bào)錯(cuò)

做病理組學(xué)研究,需要安裝和導(dǎo)入openslide包羡微,但是這個(gè)包比較特殊,安裝起來(lái)比較麻煩惶我。記錄如下妈倔。

安裝

最開(kāi)始通過(guò)conda安裝,換了幾個(gè)channel都沒(méi)有找到绸贡,最后只能通過(guò)pip安裝

pip install Openslide-python

但是導(dǎo)入的時(shí)候報(bào)錯(cuò)


報(bào)錯(cuò)

這條報(bào)錯(cuò)提示的是找不到OpenSlide的DLL文件盯蝴,這很可能是openslide的安裝不完整或者未設(shè)置DLL文件的搜索路徑導(dǎo)致的。報(bào)錯(cuò)信息提示可以用os.add_dll_directory試一下听怕。

添加環(huán)境變量

首先在官網(wǎng)下載Windows的包

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//openslide.org/download/

解壓縮之后捧挺,在環(huán)境變量中加入bin和lib這兩個(gè)文件夾的地址,如下圖所示尿瞭。


環(huán)境變量

然后嘗試導(dǎo)入openslide闽烙,還是出現(xiàn)同樣的報(bào)錯(cuò)。

修復(fù)DLL路徑

復(fù)制bin文件夾的地址声搁,在導(dǎo)入openslide庫(kù)之前黑竞,增加代碼

import os
os.add_dll_directory(r'C:\Users\Crimson\Documents\openslide\bin')
from openslide import open_slide

再次嘗試運(yùn)行捕发,成功了


成功了

在服務(wù)器上安裝的注意事項(xiàng)

如果是在服務(wù)器上安裝的話,需要先用conda裝一些底層的庫(kù)之類(lèi)的

conda install -c conda-forge openslide

安裝完之后再

pip install openslide-python
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