前言
之前本來打算根據(jù)自己對蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)分析的經(jīng)驗和理解寫一系列相關(guān)教程出來供復習參考，沒想到在網(wǎng)上查到別人已經(jīng)做過了，而且筆記相當全面，從樣本處理到質(zhì)譜儀原理再到數(shù)據(jù)分析等等都有提及，雖然是2016-2017年的課程，但內(nèi)容并未過時评姨，對我自己也大有益處。雖然其中一些內(nèi)容有重復萤晴，但我也不想再進行整理了吐句。因為筆記鏈接只有微信稿胁后，擔心后期會失效，所以這里只是簡單地拷貝過來嗦枢，以供復習之用攀芯。
筆記匯總
1. 蛋白質(zhì)組學研究方法概述（上）
1. 蛋白質(zhì)組學研究方法概述（下）
2. 蛋白質(zhì)組學樣品前處理（1）
2. 蛋白質(zhì)組學樣品前處理（2）
2. 蛋白質(zhì)組學樣品前處理（3）
2. 蛋白質(zhì)組學樣品前處理（4）
3. 蛋白質(zhì)譜的原理及使用（1）
3. 蛋白質(zhì)譜的原理及使用（2）
3. 蛋白質(zhì)譜的原理及使用（3）
3. 蛋白質(zhì)譜的原理及使用（4）
4. 蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)分析基礎（1）
4. 蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)分析基礎（2）
4. 蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)分析基礎（3）
課程介紹
1.授課教師
庫鑫
博士，2007年畢業(yè)于華中科技大學同濟醫(yī)學院净宵，獲學士學位敲才。同年9月被保送至中科院上海藥物研究所并于2010年取得碩士學位。2010年10月至2014年6月在德國慕尼黑工業(yè)大學（Technische Universit?t München）生物分析與蛋白質(zhì)組學研究所（Prof. Bernhard Kuster）攻讀博士學位择葡，專業(yè)方向為基于串聯(lián)質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學在腫瘤藥物研究中的應用紧武。庫鑫在博士期間發(fā)展了基于定量質(zhì)譜的化學蛋白組學方法用于近生理條件下激酶小分子藥物脫靶效應的研究，相關(guān)結(jié)果發(fā)表于J Prot Res, J Prot等雜志上∶舸ⅲ現(xiàn)任職于上海交通大學系統(tǒng)生物醫(yī)學研究院阻星，研究方向：腫瘤相關(guān)生物標志物的發(fā)現(xiàn)和蛋白質(zhì)糖基化修飾的研究。
劉曉慧
博士已添，高級工程師妥箕，復旦大學化學系/生物醫(yī)學研究院 。 蛋白質(zhì)組學與系統(tǒng)生物學實驗室更舞，2003年畢業(yè)于湖南師范大學 獲理學學士學位畦幢，2006年畢業(yè)于湖南師范大學 獲生物化學與分子生物學碩士學位，2014年畢業(yè)于復旦大學缆蝉，獲化學生物學博士學位宇葱。2006年至今，工作于復旦大學化學系刊头，從事基于生物質(zhì)譜的蛋白質(zhì)和多肽定量方法的應用和開發(fā)黍瞧，熟悉iTRAQ,MRM,MRM-HR,SWATH等相關(guān)技術(shù)，參與發(fā)表相關(guān)論文30余篇原杂。
李溱
博士印颤，副教授。中國農(nóng)業(yè)大學生物學院穿肄，植物生理學與生物化學國家重點實驗室年局，中國農(nóng)業(yè)大學“985”功能基因組中心生物質(zhì)譜實驗室。李博士1999年畢業(yè)于北京師范大學被碗，獲得理學學士學位某宪，2007年畢業(yè)于美國德克薩斯州Texas A&M大學，獲得博士學位锐朴。2008年-2009年在University of Illinois at Urbana-Champaign從事博士后研究，2011年至今蔼囊，就職于中國農(nóng)業(yè)大學生物學院焚志，負責生物質(zhì)譜實驗室日常運行衣迷，對外提供蛋白質(zhì)組學和代謝組學技術(shù)服務，開展基于高分辨質(zhì)譜技術(shù)的植物代謝組學和蛋白質(zhì)組學研究工作酱酬。
廖日晶
博士壶谒，副研究員。2006.9-2011.7于中科院上海有機化學研究所碩博連讀膳沽，研究方向為天然產(chǎn)物抗生素的生物合成機制汗菜，2011.8-2015.5于諾華（中國）生物醫(yī)學研究所從事博士后研究，研究方向為運用生物質(zhì)譜技術(shù)開發(fā)組蛋白后修飾的新型分析方法學挑社。2015年6月至今任中科院上海臨床研究中心副研究員陨界，從事生物質(zhì)譜技術(shù)在基礎以及臨床科研方面的運用和開發(fā)新型分析方法學的研究。在攻讀博士與博士后期間痛阻，以第一作者身份在美國化學會志（JACS IF: 13.0）菌瘪、分析化學（Analytical Chemistry IF: 5.9）、化學和生物學（Chemistry & Biology IF: 6.6)等重要刊物上發(fā)表多篇論文阱当。
沈誠頻
博士俏扩，2005年畢業(yè)于復旦大學化學系，獲得理學學士學位弊添；同年保送至復旦大學生物醫(yī)學研究院攻讀博士學位录淡，師從復旦大學生物醫(yī)學研究院常務副院長楊芃原教授，2011年獲得理學博士學位油坝，攻讀博士學位期間嫉戚，作為訪問學者于2009年-2011年前往美國麻省理工大學生物工程系交流學習。主要開展的工作包括：人肝蛋白質(zhì)組學免钻，蛋白質(zhì)組學信息學彼水，糖蛋白質(zhì)組學。于2011年作為應用科學家加盟康昱盛信息科技有限公司生物信息學部极舔，并于2013年聘為公司高級應用科學家及生物信息學部主管凤覆，主要負責蛋白質(zhì)組學及生物通路分析軟件和方法的技術(shù)支持及方案咨詢。
唐家澍
博士拆魏，2006年畢業(yè)于南京大學理科強化部盯桦，生物化學專業(yè)，獲得學士學位渤刃。2013年畢業(yè)于中科院上海生化所拥峦，師從曾嶸研究員，主要從事蛋白質(zhì)組學技術(shù)和應用研究卖子。隨后在中科院上海生科院系統(tǒng)生物學重點實驗室進行了為期兩年的博士后訓練略号，主要從事系統(tǒng)生物學和基于分子生物學的功能研究。從2016年1月開始，在賽默飛世爾科技色譜質(zhì)譜事業(yè)部擔任應用工程師玄柠，主要擅長磷酸化蛋白質(zhì)組學技術(shù)突梦，定量蛋白質(zhì)組學技術(shù)以及質(zhì)譜數(shù)據(jù)的生物統(tǒng)計學和生物信息學分析。
吳澤明
賽默飛質(zhì)譜代謝組學業(yè)務發(fā)展經(jīng)理羽利，2012年畢業(yè)于中科院大連化物所宫患，同年加入Thermo,先后任Chemist、Application Scientist與北區(qū)技術(shù)負責人等職这弧。近10年來一直從事和密切介入基于質(zhì)譜技術(shù)的代謝組學娃闲、脂質(zhì)組學相關(guān)研究，在PNAS匾浪、MOL BIOSYST等雜志發(fā)表論文多篇』拾铮現(xiàn)專注致力于質(zhì)譜與各種分離技術(shù)在Metabolomics/Lipidomics及其在疾病、生物功能與食品組學等方向的應用方法開發(fā)户矢、技術(shù)支持和科學項目合作玲献。
張偉
博士，賽默飛轉(zhuǎn)化醫(yī)學業(yè)務發(fā)展經(jīng)理梯浪，在Chem. Comm., Anal. Chem., J. Proteome Res., Proteomics, J.Proteomics等知名雜志上發(fā)表論文14篇捌年，其中第一作者10篇。2012年畢業(yè)于復旦大學生物醫(yī)學研究院挂洛，獲博士學位礼预；2012年加入賽默飛公司，從事生物質(zhì)譜與蛋白質(zhì)組學領(lǐng)域的研究虏劲、技術(shù)開發(fā)托酸、市場開拓工作。
周岳
畢業(yè)于中國科學院生物物理研究所柒巫，致力于蛋白質(zhì)組學励堡，生物制藥的應用開發(fā)，技術(shù)支持和科學研究工作堡掏。在生物質(zhì)譜蛋白定性分析应结，翻譯后修飾以及蛋白定量方面有豐富的經(jīng)驗，參與完成多篇高水平文章的質(zhì)譜工作泉唁。在賽默飛世爾科技擔任質(zhì)譜應用工程師期間鹅龄，優(yōu)化了QE系列產(chǎn)品，fusion系列產(chǎn)品在蛋白質(zhì)組學應用中的質(zhì)譜參數(shù)亭畜，并在Orbitrap用戶中進行推廣扮休。建立了基于QE,Fusion的DIA數(shù)據(jù)采集以及數(shù)據(jù)分析流程，實現(xiàn)了7500個蛋白的DIA定量分析拴鸵。
2.課程表
