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文獻學習 【要做筆記】
1.A comprehensive evaluation of normalization methods for illuminating high-thoughput RNA sequencing data analysis
- Methods to study splicing from high-throughput RNA sequencing data
- survey of best practices for RNA-seq data analysis
- hppRNA-a snakelike-based handy parameter-free pipeline for RNA-seq
analysis of numerous samples- Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by
performing a broad-spectrum RNA-seq analysis
? RNA sequencing: the teenage years
一戏自、轉錄組的最佳實踐
1.實驗設計
2.測序設計
3.質控
核心部分主要是：定量，差異表達分析，解釋。更進一步就是聯(lián)合
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二谊迄、應用
- 差異表達基因
Drug treated vs. untreated cell line
Wild type versus knock out organism - 發(fā)現(xiàn)新的轉錄本
- RNA編輯
- 可變剪接
- LncRNA鑒定
- 基因融合
- SNP Indel
三、分析策略
如何選擇軟件乡恕？如何選擇參數(shù)【要找綜述進行參考】!
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四套菜、pipeline
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五、實驗流程圖
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1.為何要打斷环戈？【技術限制闷板，只能測短的】
2.為啥要反轉錄生成cDNA呢？【RNA不夠穩(wěn)定】
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文庫：連接好接頭的cDNA院塞，叫做文庫遮晚，英文為library
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index：一段特定的序列，標記不同來源的樣本
6-8個堿基
read2測序引物結合位點：在Index序列的旁邊GAT
文庫質控
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如何看圖拦止？【如果降解了就會被打斷县遣，5‘被打斷了糜颠，5就變短了】
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SBS（Sequencing-By-Synthesis）：
通過單分子陣列實現(xiàn)在小型芯片（Flowcell）上進行橋式PCR
反應。通過可逆阻斷技術實現(xiàn)每次只合成一個堿基萧求，再利用
四種帶有不同熒光標記的堿基其兴，通過熒光激發(fā)/捕獲，讀取堿
基信息基于可逆終止的夸政、熒光標記dNTP元旬，邊合成邊測序
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雙端測序（容易理解錯）
DNA鏈，除了正向讀一遍秒梳，還可以從DNA的負向讀一遍
將DNA測序的有效長度加長了一倍
Forward strand：read1
Reverse Strand：read2法绵，3'端引物
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