經(jīng)常有小伙伴問如何繪制下圖這樣代謝通路與熱圖的組合圖蛉谜，其中的代謝通路一般都需要經(jīng)過“簡化合并”，而熱圖一般使用通路中部分關(guān)鍵基因的表達量差異倍數(shù)（Log2FC）進行繪制，這樣可以很好展示基因的上下調(diào)關(guān)系。當(dāng)然春缕，也可以用基因在不同樣本的表達量繪制，直接展示表達量的高低艘蹋。
繪制這類圖表锄贼，其實有一個叫MapMan的軟件可以實現(xiàn)。不過軟件上手較難女阀，自帶的大多通絡(luò)圖很丑而且比較粗糙宅荤，雖然支持使用自己制作的圖片，但準(zhǔn)備位置mapping文件還是比麻煩浸策。這樣冯键，還不如直接使用Ai（Adobe illustrator）編輯來得痛快纲堵，而且還能保存成畫質(zhì)更好的矢量圖婆廊。
那么如何用Ai（Adobe illustrator）繪制這類通路組合示意圖呢努酸？需要先準(zhǔn)備通路圖和熱圖罢浇。
一、通路圖繪制
關(guān)于通路圖的繪制搪缨，最近已分享過兩篇實操教程逆趋，分別是《如何繪制精美的基因代謝通路圖哮伟？》和《如何繪制漂亮的通路示意圖枉昏？》陈肛，這里不再贅述，我這里就直接使用《如何繪制精美的基因代謝通路圖凶掰？》一文的繪圖結(jié)果燥爷。當(dāng)然，你也可以使用PPT繪制這樣的通路示意圖懦窘，具體方法可參考《如何用PPT繪制通路示意圖前翎？》一文。
關(guān)于這里用到的通路圖不需要太詳細畅涂，只要核心的結(jié)點即可港华，這樣也便于用熱圖展示多個基因、代謝物等午衰，下圖是我隨意簡化合并后的效果立宜，僅作參考。
二臊岸、熱圖繪制
繪制這樣的組合圖還有一個難題橙数。多個熱圖的數(shù)據(jù)范圍很難保持一致，也就是無法讓多個共用一個圖例帅戒。最簡單的方法是將多個熱圖的數(shù)據(jù)先整合在一起畫成一個熱圖灯帮，后期再用 Ai 拆分成多個小熱圖。
熱圖 畫出方格邊界逻住，并將顏色設(shè)為白色钟哥，如下。
調(diào)整滿意后瞎访，保存成svg格式的矢量圖腻贰。
三、圖表組合
先用Ai打開通路圖文件扒秸，使用畫板工具在旁邊再創(chuàng)建一個畫板（點擊左側(cè)的畫板工具播演，在屬性欄點擊新建畫板選項），如下鸦采，此步驟非必需宾巍，也可以直接將熱圖置入到畫板外的灰色區(qū)域。
然后渔伯，通過文件 / 置入導(dǎo)入熱圖到畫板2上顶霞，按住shift鍵等比例調(diào)整熱圖的大小。
然后選中熱圖锣吼，右鍵选浑，執(zhí)行取消編組。再次選中熱圖的格子部分玄叠，如下圖古徒，繼續(xù)取消編組，大約需要重復(fù)3~4次取消編組读恃，即可單獨操作熱圖的每一個方格隧膘。
然后就可以使用小黑工具框選相應(yīng)基因（代謝物）對應(yīng)的熱圖網(wǎng)格代态，移動到通路圖上，如下圖疹吃。需要注意的是蹦疑，畫熱圖時先對基因排序，這樣可以輕松選取目標(biāo)模塊萨驶。
完成移動后歉摧，刪除畫板2和熱圖的殘余部分。當(dāng)然腔呜，如果你想展示熱圖的每一列的信息叁温，可使用矩形網(wǎng)格工具添加網(wǎng)格，使用文字工具添加注釋信息核畴，如下膝但。
我這里就不額外繪制圖例啦，最終的效果如下：
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參考文獻
Guo J, Gu X, Lu W, et al. Multi-omics analysis of kernel development in response to short-term heat stress at the grain formation stage in waxy maize[J]. Journal of Experimental Botany, 2021.
DU Q, YANG J, Shah S Y D M S, et al. Comparative transcriptome analysis of different nitrogen responses in low-nitrogen sensitive and tolerant maize genotypes[J]. Journal of Integrative Agriculture, 2021, 20(8): 2043-2055.
發(fā)布于 2021-07-05 16:13
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