們看看脂肪代謝組學(xué)和mRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析鹃两，文章的謀篇布局。
文獻題目：脂質(zhì)組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定德州驢肌內(nèi)脂肪和內(nèi)臟脂肪組織的異質(zhì)性
背景：瘦肉里有脂肪，內(nèi)臟有脂肪华蜒，為什么瘦肉里的脂肪吃起來不那么油膩呢载庭，口感更好看彼，而且更營養(yǎng)廊佩，是什么原因，研究一下脂肪的成分靖榕。
樣本：
處理組：3頭驢背最長急瓿（LDM），脂代謝組和轉(zhuǎn)錄組茁计；
對照組：3頭驢內(nèi)臟脂肪組織（VAT）料皇，脂代謝組和轉(zhuǎn)錄組。
分析結(jié)果
1.脂質(zhì)概況
? ? ?定性脂質(zhì)分析實現(xiàn)了IMF和VAT的良好分離(1A星压、B)践剂，正離子和負離子模式下的OPLS-DA明顯分離(SA SB), 在驢LDM和VAT中分別鑒定出1146和1134種脂質(zhì)，屬于18個亞類娜膘，主要包括甘油脂質(zhì)（GLs）逊脯、GP和SL（圖1C、D）竣贪，LDM中TGs和二酰甘油（DG）的相對含量顯著低于VAT（p<0.001）....(思考：兩組代謝組整體質(zhì)控军洼，分組，說明兩組是有差異的贾富，并做了大類脂質(zhì)初步的比較）
2.脂肪酸的位置分布
? ? ?TGs中飽和脂肪酸（SFAs）的百分比含量（12:0歉眷、14:0、16:0和18:0）在sn-3位置高于sn-1和sn-2位置颤枪，而PC和PE中SFAs的百分比含量在sn-1位置更高汗捡。此外，LDM中TGs的sn-2和sn-3位置16:0畏纲、PC中sn-1和sn-2位置14:0的百分比顯著高于VAT（p＜0.001）扇住。相反，PC和PE中LDM的兩個位置18:0的百分比明顯低于VAT（p＞0.001）（思考盗胀，比較兩組不同類型的脂質(zhì)）
3.不同的脂質(zhì)分子和潛在的脂質(zhì)標(biāo)記物
?補充圖S2所示艘蹋，110種脂質(zhì)被鑒定為不同的脂質(zhì)分子，其中與VAT相比票灰，LDM中有72種下調(diào)女阀，38種上調(diào)。（思考：做差異分析屑迂，找差異的脂質(zhì)物）
圖4A和補充表S2顯示了前11種鑒別脂質(zhì)的受試者工作特性（ROC）曲線和參數(shù)浸策，ROC曲線下面積（AUC）為1，特異性為100%惹盼，對PC（O-18:2/18:2）庸汗、PC（O-18/2/18:1）、PC手报、PC（32:2）蚯舱、PC和SM（d36:1）的敏感性為100%改化。這些潛在的脂質(zhì)標(biāo)記物包括5個PC、2個PE枉昏、2個PG陈肛、1個PI和1個SM，LDM中的歸一化強度顯著高于VAT凶掰，VAT中的歸一化密度接近0（圖4B–F）燥爷。（思考：ROC曲線分析，找標(biāo)志物）
4.脂質(zhì)代謝途徑
用KEGG途徑對110種脂質(zhì)進行功能富集分析懦窘，顯示LDM和VAT之間存在顯著差異前翎。這揭示了17種主要代謝途徑的顯著富集，包括花生四烯酸代謝畅涂、GP代謝港华、...（圖5A）。膽固醇代謝午衰、脂肪消化吸收...是最相關(guān)的代謝途徑立宜，如圖5B所示。GL和GP代謝如圖5C所示臊岸。GL代謝引起的DG和TGs在LDM中的表達顯著低于VAT（p<0.05）橙数，而GP代謝引起的PC、PE帅戒、PS灯帮、PG和LPE在VAT中的表達明顯低于LDM（p<0.05）。(思考逻住，做代謝通路分析钟哥，并展示重要代謝通路)
5.脂質(zhì)代謝途徑中的基因表達
共鑒定出578個差異表達基因，其中與VAT相比瞎访，LDM中311個下調(diào)腻贰，267個上調(diào)（圖6A）。RNA-seq分析顯示扒秸，與VAT相比播演，LDM中GL和GP代謝相關(guān)基因的表達顯著下調(diào)，與VAT相比伴奥，LDM中的溶血磷脂酰甘油醣鑫。基轉(zhuǎn)移酶（LPGAT1）顯著上調(diào)（圖6B），差異表達基因的KEGG富集分析表明渔伯，調(diào)節(jié)GL、GP和鞘脂代謝以及脂肪酸降解的基因富集（圖6C）肄程。如圖6D所示锣吼，使用KEGG途徑對GL和GP代謝進行的功能富集分析顯示选浑，與VAT相比，LDM中GL代謝相關(guān)基因的表達顯著降低（p<0.05）玄叠，而GP代謝相關(guān)基因在LDM中的表達顯著增加（p<0.05）古徒。（思考：RNAseq分析，找差異基因读恃，代謝通路等）
全文思考：（1）做脂質(zhì)代謝組學(xué)隧膘，找二者的差異，（PCA差異寺惫，脂質(zhì)大類差異疹吃，代謝物差異，代謝通路的差異西雀，ROC曲線看標(biāo)志物）萨驶；
（2）做了一個代謝組學(xué)，找差異的基因艇肴，盡量跟代謝物能有些關(guān)聯(lián)腔呜。
文獻原文
Li M, Zhu M, Chai W,?(2021) Determination of the Heterogeneity of Intramuscular Fat and Visceral Adipose Tissue From Dezhou Donkey by Lipidomics and Transcriptomics Profiling.?Front. Nutr.?8:746684. doi: 10.3389/fnut.2021.746684
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