國(guó)家基因庫(kù)生命大數(shù)據(jù)平臺(tái)(CNGBdb)的基因組數(shù)據(jù)庫(kù)初探

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國(guó)家基因庫(kù)生命大數(shù)據(jù)平臺(tái)(CNGBdb)是一個(gè)為科研社區(qū)提供生物大數(shù)據(jù)共享和應(yīng)用服務(wù)的統(tǒng)一平臺(tái)。本質(zhì)是我國(guó)組建的一個(gè)類(lèi)似于NCBI存儲(chǔ)分子數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫(kù)。前身是深圳華大生命科學(xué)研究院(原深圳華大基因研究院)的深圳國(guó)家基因庫(kù)卜朗。2018年10月在深圳召開(kāi)第十三屆國(guó)際基因組學(xué)大會(huì)(“ICG-13”)焰手,開(kāi)幕式上深圳國(guó)家基因庫(kù)正式發(fā)布了“國(guó)家基因庫(kù)生命大數(shù)據(jù)平臺(tái)(CNGBdb)”。

該數(shù)據(jù)庫(kù)為面向世界的開(kāi)放平臺(tái),但擁有全中文界面(可以設(shè)置為英文)培愁,對(duì)初學(xué)者較為友好开财。

網(wǎng)站資源

平臺(tái)資源包括文獻(xiàn)、基因雁仲、變異等十類(lèi)。目前樣本庫(kù)與組裝庫(kù)較為好用。在這兩個(gè)庫(kù)中可以將上傳至本庫(kù)與NCBI的數(shù)據(jù)過(guò)濾開(kāi)银觅,而在基因、序列等庫(kù)中坏为,基本是接入NCBI或INSDC究驴,若有直接上傳的也沒(méi)有過(guò)濾的通道镊绪,這就導(dǎo)致若用戶上傳raw數(shù)據(jù)至實(shí)驗(yàn)庫(kù),或分子標(biāo)記至序列庫(kù)就將與NCBI的數(shù)據(jù)混淆起來(lái)洒忧。解決方法是在樣本庫(kù)中輸入感興趣的研究對(duì)象(Organism)蝴韭,能找到相關(guān)研究的項(xiàng)目編號(hào)、樣本編號(hào)熙侍、實(shí)驗(yàn)編號(hào)榄鉴、測(cè)序信息、原始數(shù)據(jù)(fastq文件)及對(duì)應(yīng)的超鏈接蛉抓,組裝庫(kù)中可以搜索到注釋了的全基因組庆尘。這樣基本能獲取CNGB的獨(dú)家資源。但望日后其他庫(kù)也能多一些過(guò)濾或檢索條件芝雪,以便更快捷的從這一國(guó)內(nèi)生物信息巨制中獲取有用數(shù)據(jù)减余。

組裝庫(kù)中黃色區(qū)域是設(shè)置數(shù)據(jù)來(lái)源的filter
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