在微生物組研究中苍蔬，alpha diversity即“分析在單個樣本中有多少種不同的序列”游两；beta diversity即“分析在一定范圍內(nèi)樣本中骗卜，各種不同序列的分布情況”。
描述alpha diversity的方法有很多葵孤，其中有幾個比較常用，包括
- rarefaction curve（based on observed OTU numbers; based on Shannon index）
- PD score（phylogenetic diversity）
rarefaction curve（稀疏性曲線）
在每個樣本中不斷抽樣橱赠，每次都隨機抽取一定數(shù)量的序列尤仍，以抽取到的序列構(gòu)建OTU。其核心在于resampling病线。隨著抽取的序列數(shù)目不斷增加吓著，其構(gòu)建的OTU個數(shù)從迅速增加到趨于平坦，則說明抽樣的數(shù)目合理送挑，更多的序列不會再增加更多信OTU個數(shù)绑莺。即測序深度達到了要求。
如下圖所示惕耕，其X軸為測序深度（抽取的序列個數(shù)）纺裁，Y軸如果為OTU個數(shù)，則為rarefaction curve（based on observed OTU numbers）,為香農(nóng)值（Shannon index）則為rarefaction curve（based on observed Shannon index）
下圖可以用R代碼來實現(xiàn)司澎，phyloseq包可以用于繪制OTU number based的rarefaction curve, 不能現(xiàn)成繪制shannon based的欺缘。但是可以使用這段代碼來實現(xiàn)。
PD score（phylogenetic diversity）
PD score是結(jié)合OTUtable和OTU tree一同計算的挤安⊙枋猓考慮到了樣本在進化樹上的分布。一個OTU的來源越復(fù)雜蛤铜，其PD score越高嫩絮。來自進化樹上不同的地方越多丛肢，其PD score越高。
可以通過python里的skbio.diversity中的alpha_diversity模塊實現(xiàn)計算PD score剿干。
其input的OTUtable是行為sample_id, 列為OTU_id的形式蜂怎。以上鏈接中沒有具體例子，以下為一個實例置尔。
faith_PD = alpha_diversity('faith_pd', otu_T.values.tolist(), ids=list(otu.columns), otu_ids=list(otu.index), tree=tree)
# 'faith_pd'指定使用PD_score, 指定OTUtable, sample_id, 及tree文件杠步，得到每個樣本的PD score.
