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Binding database數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)可公開(kāi)訪(fǎng)問(wèn)的主要收集藥物靶點(diǎn)蛋白質(zhì)和類(lèi)藥小分子之間相互作用親和力的數(shù)據(jù)庫(kù)寥闪，目的是使研究者更容易通過(guò)網(wǎng)絡(luò)獲取相關(guān)分子的非共價(jià)結(jié)合數(shù)據(jù)捺典，從而促進(jìn)藥物研發(fā)和結(jié)合預(yù)測(cè)模型的構(gòu)建蔬咬。BindingDB 的數(shù)據(jù)來(lái)自****PDB 相關(guān)文獻(xiàn)報(bào)道數(shù)據(jù)将谊、專(zhuān)利信息、****PubChem BioAssays 數(shù)據(jù)和****ChEMBL 記錄數(shù)據(jù)。親和力數(shù)據(jù)來(lái)自多種測(cè)量技術(shù)，包括酶抑制活性和酶動(dòng)力學(xué)珍昨、等溫滴定量熱法（isothermal titration calorimetry，ITC）句喷、核磁共振（NMR）以及放射性配體競(jìng)爭(zhēng)測(cè)定法等镣典，數(shù)據(jù)的類(lèi)型包括Ki****、****IC50****唾琼、****Kd****兄春、****EC50 等。BindingDB同時(shí)提供通路信息锡溯、化合物****ZINC 編號(hào)以及其他信息赶舆。
網(wǎng)址：http://bindingdb.org/bind/index.jsp
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支持各類(lèi)數(shù)據(jù)的下載，但必須說(shuō)明大部分是sdf文件哦祭饭，那么功能界面在哪里呢涌乳？OK，看上面左側(cè)哈甜癞，就是左側(cè)的界面窗口。比如我們點(diǎn)擊一下pathway宛乃，就會(huì)出現(xiàn)下面界面悠咱，很明顯它連接的是Reactome數(shù)據(jù)庫(kù)蒸辆，不是kegg哦
下面這張關(guān)于Target界面大家可以自己點(diǎn)進(jìn)去看一下，這里我主要對(duì)于一些名詞進(jìn)行解釋析既。
ki：藥物分子對(duì)蛋白酶抑制作用的抑制常數(shù)躬贡，一般數(shù)值越小，抑制作用越強(qiáng)眼坏。
Kd：解離速率常數(shù)拂玻，用于評(píng)估RL（受體配體復(fù)合物）逆向解離形成R（受體）和L（配體）速率快慢的常數(shù)，RL解離形成R和L的逆反應(yīng)速度V=[R]f[L]fKoff宰译。
IC50：指被測(cè)量的拮抗劑的半抑制濃度檐蚜。 它能指示某一藥物或者物質(zhì)(抑制劑)在抑制某些生物程序(或者是包含在此程序中的某些物質(zhì)，比如酶沿侈，細(xì)胞受體或是微生物)的半量闯第。
EC50:半最大效應(yīng)濃度（concentration for 50% of maximal effect,EC50）是指能引起50%最大效應(yīng)的濃度。 EC50是藥物安全性指標(biāo)缀拭。 其含義是：引起50%個(gè)體有效的藥物濃度咳短。
δG是吉布斯自由能變化，能量越低越穩(wěn)定蛛淋。
之所以會(huì)給大家推薦這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)咙好，就是基于它的Special tools 包括根據(jù)化合物找靶點(diǎn)，根據(jù)靶點(diǎn)找化合物褐荷，虛擬篩選勾效，藥物設(shè)計(jì)等。
