Harmony
整合單細(xì)胞RNAseq數(shù)據(jù)進(jìn)行批校正和后續(xù)分析
System requirements
Harmony必須在R版本3.4以上運(yùn)行词疼，支持 Linux, OS X, and Windows 平臺(tái)。
Installation
老方法
library(devtools)
install_github("immunogenomics/harmony")
安裝過(guò)程可能包括從源代碼編譯C ++代碼擂啥，因此可能需要幾分鐘。
Usage
Quick Start
PCA matrix
Harmony算法迭代地校正PCA嵌入。要直接輸入您自己的低維嵌入，請(qǐng)?jiān)O(shè)置do_pca = FALSE赴魁。 Harmary與一個(gè)小的數(shù)據(jù)集打包在一起。
library(harmony)
my_harmony_embeddings <- HarmonyMatrix(my_pca_embeddings, meta_data, "dataset", do_pca=FALSE)
Normalized gene matrix
也可以在庫(kù)大小歸一化的表達(dá)式計(jì)數(shù)的稀疏矩陣上運(yùn)行Harmony鹦付。Harmony將擴(kuò)展這些計(jì)數(shù)尚粘，運(yùn)行PCA，最后執(zhí)行整合敲长。
library(harmony)
my_harmony_embeddings <- HarmonyMatrix(normalized_counts, meta_data, "dataset")
Seurat
您可以在Seurat工作流程中運(yùn)行Harmony郎嫁。 您只需要對(duì)代碼進(jìn)行兩項(xiàng)更改。
1祈噪、使用RunHarmony（）函數(shù)運(yùn)行Harmony
2泽铛、在下游分析中，使用Harmony嵌入代替PCA辑鲤。
egs:
seuratObj <- RunHarmony(seuratObj, "dataset")
seuratObj <- RunUMAP(seuratObj, reduction = "harmony")
也就是說(shuō)用RunHarmony的方法代替PCA盔腔。
Harmony with two or more covariates
和諧可以整合多個(gè)協(xié)變量。 為此月褥，請(qǐng)指定要積分的向量協(xié)變量弛随。(就是去除批次效應(yīng))
my_harmony_embeddings <- HarmonyMatrix(my_pca_embeddings, meta_data, c("dataset", "donor", "batch_id"), do_pca=FALSE)
Do the same with your Seurat object:
seuratObject <- RunHarmony(seuratObject, c("dataset", "donor", "batch_id"))
這個(gè)方法跟Seurat根據(jù)樣本去除批次效應(yīng)有點(diǎn)類(lèi)似
