1.?背景介紹
LEfse分析即LDA Effect Size分析，可以實(shí)現(xiàn)多個(gè)分組之間的比較蔚约，還進(jìn)行分組比較的內(nèi)部進(jìn)行亞組比較分析宠互，從而找到組間在豐度上有顯著差異的物種（即biomaker）瞳收，主要是通過非參數(shù)因子Kruskal-Wallis秩和檢驗(yàn)來實(shí)現(xiàn)的寺谤。
LEfSe2.0在線工具在1.0工具基礎(chǔ)上希俩，增加了LDA判別分析結(jié)果文件（僅含差異顯著）档押。增加差異特征圖逞力，以及所有結(jié)果圖的重繪功能煌往。
工具鏈接：http://www.cloud.biomicroclass.com/CloudPlatform/SoftPage/LF2
2.?操作方法
lefse分析需要輸入的文件包含OTU豐度表和分組文件倾哺，OTU豐度表支持biom格式和txt格式文件，分組文件只能是tab鍵分隔的txt文件刽脖。
2.1.?上傳文件
可以使用凌恩生物擴(kuò)增子結(jié)題報(bào)告中excel格式的OTU豐度表羞海，位于結(jié)果文件夾的01.OTU_Taxa/ normalize/otu_taxa_table.xls，在使用前需要用excel打開曲管，另存為制表符分隔的txt文件却邓，示例文件如下：
2.2.?分組文件
分組示例文件如下，第一列為樣本名院水，第二列為分組名
2.3.?選擇參數(shù)
l?類間因子Kruskal-Wallis秩檢驗(yàn)的Alpha值：默認(rèn)為0.5
l?子類間配對Wilcoxon秩檢驗(yàn)的Alpha值：默認(rèn)為0.5
l?差異特征LDA對數(shù)值的閾值：默認(rèn)為2
l?多組分類分析的分析策略：一對一或一對多（一對一約束更嚴(yán)格腊徙，一對多運(yùn)行時(shí)間更長）
l?是否僅在子類名相同的情況下，進(jìn)行子類間的成對比較：yes或no
選擇完成后檬某，點(diǎn)擊“提交”按鍵開始分析
2.4.?查看任務(wù)
提交任務(wù)后撬腾，點(diǎn)擊界面右側(cè)的“歷史任務(wù)”模塊，或者點(diǎn)擊界面“我的任務(wù)”恢恼，都可以查看任務(wù)編號(hào)民傻、軟件名稱和狀態(tài)等信息，點(diǎn)擊任務(wù)編號(hào)场斑，即可查看分析結(jié)果漓踢。
在任務(wù)詳情界面，展示的是任務(wù)參數(shù)漏隐、結(jié)果文件列表和在線調(diào)整圖片3個(gè)區(qū)域喧半，提供結(jié)果文件下載和圖片調(diào)整功能。
3.?示例圖片
云平臺(tái)提供進(jìn)化分支圖青责、LDA分析柱圖和差異特征圖薯酝，都可以根據(jù)需求在線調(diào)整。
4.?結(jié)果文件
結(jié)果文件包括LDA分析結(jié)果爽柒、含差異顯著的LDA分析結(jié)果吴菠、進(jìn)化分支圖、LDA分析柱圖和差異特征圖浩村，圖片均為pdf格式做葵。
LDA分析結(jié)果：第一列為物種信息，即每種微生物類群名稱心墅；第二列為每種微生物類群在各分組類別中豐度平均值中最大值的log10酿矢，如果平均豐度小于10?按照10來計(jì)算榨乎。（不過這不是原始表格中的豐度，而是標(biāo)準(zhǔn)化后的豐度瘫筐，LEfSe自己有套標(biāo)準(zhǔn)化方法）蜜暑；第三列為差異物種富集的組名稱；第四列為LDA?值策肝，用以評估其對觀測到的組間差異的效應(yīng)大小肛捍，該值越高代表該微生物類群越重要；第五列為Kruskal-Wallis秩和檢驗(yàn)的?P?值之众，若顯著拙毫，則將這些微生物作為解釋類別之間差異的biomaker來看待；若不顯著棺禾，則該列值為“-”缀蹄。
LDA判別分析結(jié)果（僅含差異顯著）：第一列為物種信息，即每種微生物類群名稱膘婶；第二列為每種微生物類群在各分組類別中豐度平均值中最大值的log10缺前，如果平均豐度小于10?按照10來計(jì)算。（不過這不是原始表格中的豐度悬襟，而是標(biāo)準(zhǔn)化后的豐度衅码，LEfSe自己有套標(biāo)準(zhǔn)化方法）；第三列為差異物種富集的組名稱古胆；第四列為LDA?值肆良，用以評估其對觀測到的組間差異的效應(yīng)大小筛璧，該值越高代表該微生物類群越重要逸绎；第五列為Kruskal-Wallis秩和檢驗(yàn)的?P?值
注意事項(xiàng)
1.?分組文件必須為兩組及以上；
2.?組內(nèi)重復(fù)必須≥3夭谤，否則無法完成分析棺牧；
3.?進(jìn)化分支圖下方的biomarker物種默認(rèn)顯示綱目科三個(gè)分類層級(jí)，biomarker物種過多會(huì)顯示不全朗儒，可以通過下方標(biāo)簽調(diào)整分類學(xué)層級(jí)范圍
