iGEMDOCK是一個(gè)臺(tái)灣產(chǎn)的分子對(duì)接軟件紫皇，其優(yōu)勢(shì)是簡(jiǎn)單易用踩蔚，對(duì)接準(zhǔn)確度較高搬俊，可以用于初篩和精度對(duì)接，也可用于金屬對(duì)接（注：未試）。最后更新為2008年荣茫，但對(duì)接軟件近幾年發(fā)展緩慢想帅，基本沒(méi)有什么新的算法產(chǎn)生。
其完整手冊(cè)可從此下載：點(diǎn)我下載
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1.安裝
windows
直接打開即可
linux
賦權(quán)
chmod 755 iGemdock/bin/*
執(zhí)行腳本
cd iGemdock/bin/
.iGemdock.sh
2.界面簡(jiǎn)單介紹
其界面主要有四個(gè)模塊啡莉，如圖
A為主界面港准，B為對(duì)接設(shè)置界面，C為界面簡(jiǎn)單分析界面咧欣，D為查看界面（PS：其自帶的分析查看界面太丑了浅缸，建議用別的軟件查看）
其主要對(duì)接流程圖如下：
3.受體準(zhǔn)備
iGEMdock定義結(jié)合腔不怎么好定義，雖然提供了一個(gè)swiss-viewer方法但是個(gè)人覺(jué)得不好用魄咕。若你是AutoDock ** 轉(zhuǎn)來(lái)的朋友衩椒，可以將之前的結(jié)果用之前文章使用的蛋白配體切割器進(jìn)行切割優(yōu)化。
如果是復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)也可以直接使用。如果無(wú)法使用毛萌，可打開pdb文件苟弛，查找是否有HET標(biāo)簽，若沒(méi)有加上HET+配體名字+鏈+編號(hào)（具體可查看蛋白配體切割器那一章）iGEMDOCK會(huì)讀取ATOM標(biāo)簽和HETATM標(biāo)簽阁将，所以重要的在活性腔中的水原子可以保留膏秫，使得對(duì)接結(jié)果可能更精確（注：個(gè)人覺(jué)得也不一定，水是動(dòng)態(tài)的說(shuō)做盅，可能適得其反）缤削，如下是一個(gè)復(fù)雜受體例子：
為了區(qū)分一般原子和配體原子，需要在81位標(biāo)記P作為一般特異性原子的標(biāo)識(shí)吹榴。
后打開Prepare Binding Site按鈕
3. 配體準(zhǔn)備
支持PDB亭敢，MOL和MOL2三種格式。
點(diǎn)擊Prepare Compounds即可使用
4.運(yùn)行iGEMDOCK
主要設(shè)置對(duì)接的精確度和速度腊尚，如果做篩選就選快速對(duì)接吨拗，如果單個(gè)配體可以采用精確對(duì)接。
如上圖最終會(huì)生成1個(gè)結(jié)構(gòu)文件婿斥，而這個(gè)結(jié)構(gòu)是70次GA計(jì)算后的結(jié)果劝篷。（？類似最陡梯度法民宿？）
對(duì)接完后結(jié)構(gòu)文件都會(huì)在
docked_pose文件夾娇妓，最好的在best_pose文件夾,fitness.txt為預(yù)測(cè)pose的能量清單
5.注意事項(xiàng)
若需要進(jìn)行用這個(gè)軟件對(duì)接推薦還是完整的看一下文檔內(nèi)容。這里做一些注意事項(xiàng)
iGEMdock自己不能進(jìn)行自動(dòng)的扭轉(zhuǎn)鍵設(shè)置活鹰，設(shè)置主要來(lái)自于SINGLE標(biāo)簽標(biāo)記哈恰，如下:
對(duì)接后的結(jié)果標(biāo)記
氫鍵 (H), 電荷能 (E) 和范德瓦爾力 (V)，其余的可以查看原始參考文獻(xiàn)
Proteins, vol. 55, pp. 288-304, 2004
其有一張圖詳細(xì)介紹了聯(lián)系類型志群，我覺(jué)得解釋的很棒很直觀：
分析結(jié)果界面如下：
還有成簇分析等等功能着绷，具體可以查看文檔文件26頁(yè)。
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