導(dǎo)語(yǔ)：
前面的推文簡(jiǎn)要介紹了Jalview的大體功能，本以為對(duì)該軟件的需求不會(huì)很大春霍。但是隨著這幾篇推文“桦踊，”中發(fā)現(xiàn)的一些問(wèn)題，今天有必要對(duì)Jalview這款多序列比對(duì)軟件的具體使用進(jìn)行介紹终畅。
為了使得這篇推文相對(duì)完整炼蛤，就把之前的內(nèi)容搬過(guò)來(lái)了。
俗話說(shuō)得好：人靠衣裝蝶涩，佛靠金裝理朋。
科研作圖亦是如此，隨著各類軟件的發(fā)展和科研工作者的審美不斷提高绿聘。
如果不給你的圖片做個(gè)“美妝”還能不好意思拿出去見人嗽上，更不好意思放在你的paper中。
接下來(lái)就介紹一個(gè)軟件熄攘，用以對(duì)對(duì)序列比對(duì)結(jié)果進(jìn)行美化和編輯兽愤，可以讓你的多序列比對(duì)圖片瞬間高大上。
從此你做的圖就是顏值擔(dān)當(dāng)挪圾！
今天的主角是jalview
【進(jìn)入正題】
1浅萧、軟件下載安裝
https://www.jalview.org/該軟件支持多種操作系統(tǒng)，各位根據(jù)需要自行下載安裝即可哲思。安裝方法與普通軟件的安裝方法相同洼畅，一路next即可。
但該軟件依賴于java棚赔，因此首先需要安裝java帝簇。
另外，由于該軟件可與EML靠益、PDB等網(wǎng)站互聯(lián)丧肴，因此在使用web功能時(shí)需要聯(lián)網(wǎng)。
2捆毫、軟件的功能
下圖所見即為該軟件的功能展示闪湾，是不是很強(qiáng)大。
3绩卤、軟件的使用
打開軟件后途样，就會(huì)自動(dòng)彈出這些界面，這是該軟件的內(nèi)置信息濒憋，目的就是為了展示該軟件的主要功能及可視化效果何暇，載入我們自己的序列時(shí)，全部關(guān)閉即可凛驮●烧荆可以通過(guò)下圖大致看到，可以實(shí)現(xiàn)以下功能：
對(duì)多序列比對(duì)結(jié)果進(jìn)行高顏值的著色；
顯示保守區(qū)間和比對(duì)質(zhì)量宏胯；
可對(duì)序列進(jìn)行快速編輯羽嫡；
對(duì)選中的序列構(gòu)建進(jìn)化樹；
顯示選中序列的蛋白結(jié)構(gòu)或二級(jí)結(jié)構(gòu)肩袍，等杭棵。
下面開始具體操作。
使用方法
1氛赐、導(dǎo)入序列
這一步可選格式很多魂爪，這里以Fasta格式為例。示例序列還是用之前的Athsp20.fasta艰管。
導(dǎo)入之后初始圖片如上滓侍。
2、比對(duì)之前進(jìn)行簡(jiǎn)單修飾
（對(duì)第2步的簡(jiǎn)單說(shuō)明：如果這里導(dǎo)入的是已經(jīng)由其他軟件比對(duì)之后的序列牲芋，則有必要執(zhí)行第2步撩笆；如果導(dǎo)入的是未經(jīng)比對(duì)的原始序列，則沒必要執(zhí)行第2步街图，因?yàn)樵贘alview進(jìn)行比對(duì)后浇衬，會(huì)重新生成這四行注釋信息懒构。）
從上圖看到下面的條形圖餐济，其實(shí)就是比對(duì)注釋信息，通常來(lái)說(shuō)我們不需要這些信息胆剧，因此絮姆，為了便于后續(xù)的多序列比對(duì)和美化，這里選擇隱藏掉序列下方的四行注釋信息秩霍。
效果如下：
3篙悯、多序列比對(duì)
這一步會(huì)讓很多人犯難，我寫到這一步的時(shí)候也花了一些時(shí)間铃绒。直接上圖：
3.1 為了不顯得突兀鸽照。這里我先用DNAMAN默認(rèn)算法進(jìn)行比對(duì)。
3.2 再用MEGA X-Muscle
由于MEGA無(wú)法導(dǎo)出序列比對(duì)圖片颠悬，所以這里就截圖拼起來(lái)看矮燎。
3.3.1 使用Jalview-Muscle with?Defaults
（為了統(tǒng)一起見，下面的color使用clustalX的配色方案）
Muscle with?Defaults比對(duì)結(jié)果
3.3.2 使用Jalview-Muscle with?Defaults
注：3.3.1和3.3.2都使用Muscle赔癌，兩者比對(duì)結(jié)果是一致的诞外，但與3.1中DNAMAN比對(duì)的結(jié)果略有不同。不論是DANMAN還是Jalview灾票，至少在序列比對(duì)這一步峡谊，都沒有錯(cuò)。只是因?yàn)楸葘?duì)策略和默認(rèn)參數(shù)設(shè)置不盡相同才導(dǎo)致上述結(jié)果的差異。
3.4.1?使用Jalview-Mafft with Defaults
以前沒有認(rèn)真了解Jalview既们，剛才比對(duì)的時(shí)候才驚奇的發(fā)現(xiàn)濒析，這里居然有mafft。那我肯定要體驗(yàn)一下啥纸。
注：相對(duì)來(lái)說(shuō)我比較滿意Mafft with Defaults比對(duì)的結(jié)果悼枢，這個(gè)滿意，我的主觀意愿占據(jù)了很大比重脾拆÷鳎科學(xué)依據(jù)將在以后專門寫。
3.4.2?mafft命令行比對(duì)結(jié)果可視化
命令行選項(xiàng)中名船，默認(rèn)比對(duì)策略為FFT-NS-2绰上，所以這里我們就選擇默認(rèn)FFT-NS-2。但是不知道Jalview中mafft的默認(rèn)比對(duì)策略是什么渠驼，這里就先不考慮了蜈块，我們暫且使用FFT-NS-2。
然后將比對(duì)結(jié)果導(dǎo)入Jalview進(jìn)行可視化迷扇。
注：3.4.1和3.4.2的比對(duì)結(jié)果一致百揭，說(shuō)明剛才的默認(rèn)策略選擇一致。當(dāng)然蜓席，這里mafft還提供了其他比對(duì)策略器一，就不一一看了。畢竟這也不是今天的重點(diǎn)厨内。
小結(jié)：Jalview中除了上述提及的比對(duì)策略祈秕，還有很多其他的比對(duì)策略，就不一一比對(duì)了雏胃，很多情況下我可能用不到请毛。
重點(diǎn)：可以看到，上述選擇了不同策略之后瞭亮，其直接影響最終比對(duì)結(jié)果的不同方仿，不論選擇哪一種比對(duì)策略，都不能用對(duì)錯(cuò)來(lái)衡量统翩，至于具體哪種情況下應(yīng)該使用哪種最優(yōu)策略仙蚜，這一點(diǎn)我還不能解答，但弄清楚這個(gè)問(wèn)題顯然很重要唆缴。
小小掙扎：
最終我還是選擇使用mafft中的自動(dòng)選擇進(jìn)行查找最優(yōu)策略掙扎一下鳍征。
好吧，就先到這里吧面徽，一時(shí)半會(huì)兒我也搞不清艳丛。
繼續(xù)下一步匣掸。
4、美化和編輯
（美化和編輯就以最終小小掙扎的結(jié)果進(jìn)行）
4.1 序列一行顯示太多了氮双，將序列分行顯示
看效果
貌似沒有變化碰酝，其實(shí)已經(jīng)打開了分行模式，此時(shí)只需要按照自己的需求縮放這個(gè)窗口即可自動(dòng)換行戴差。比如下面這樣就好多了送爸。
4.2?更改配色方案
這里我選擇的是ClustalX，感覺總體還算體面暖释。這一列菜單都是顏色設(shè)置選項(xiàng)袭厂，方案很多，功能很強(qiáng)球匕，可以自行選擇合適的方案纹磺。
下面展示幾種不同的配色：
4.2.1?給不同的氨基酸自定義顏色
4.2.2 灰黑
4.2.3?根據(jù)保守性
4.3 font和size設(shè)置
通常來(lái)講，多序列比對(duì)結(jié)果中的字體推薦Cambria亮曹、courier New（DNAMAN Default）橄杨，字號(hào)為14或16.
感覺怪怪的，換一個(gè)
還不錯(cuò)照卦，關(guān)于字體式矫，我還是選擇DNAMAN的默認(rèn)字體courier New吧，看著比較舒服役耕。
4.4?幾處顯示設(shè)置
4.4.1?隱藏scale left
4.4.2?隱藏Show Sequence Limits
5采转、幾個(gè)小技巧
5.1 對(duì)序列進(jìn)行排序
這里有四個(gè)選項(xiàng)可供選擇，當(dāng)然在導(dǎo)入fasta序列時(shí)也可提前設(shè)置好先后順序蹄葱。
5.2?刪除不想展示的區(qū)段
選中后直接Delete即可氏义，比如這里我只展示這一部分锄列。
5.3 間隔太大怎么辦图云？比如下面這樣:
解決方法：鼠標(biāo)移動(dòng)至空白處，即可左右拖動(dòng)邻邮。
6竣况、導(dǎo)出圖片
最終效果：
看起來(lái)還不錯(cuò)。
好吧筒严，卸載DNAMAN……
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