很高興今天給大家介紹DAVID數(shù)據(jù)庫，因為DAVID不僅是個生物數(shù)據(jù)庫拷姿，也是一款在線分析軟件惭载。可以用來做基因的差異分析响巢，也可用于通路的富集描滔。他可以將輸入列表中的基因，關聯(lián)到生物注釋上踪古。依舊第一步含长，介紹DAVID網(wǎng)址：https://david.ncifcrf.gov?其實利用百度引擎也能快速檢索到。在頁面主頁上伏穆，有該數(shù)據(jù)庫的概要及其DAVID工具能夠行使什么功能拘泞。具體如下圖，有列表
1）Identify enriched biological themes, particularly GO terms
?????2）Discover enriched functional-related gene groups
?????3）Cluster redundant annotation terms
?????4）Visualize genes on BioCarta & KEGG pathway maps
?????5）Display related many-genes-to-many-terms on 2-D view.
?????6）Search for other functionally related genes not in the list?
????7）List interacting proteins
?????8）Explore gene names in batch?
?????9）Link gene-disease associations?
?????10）Highlight protein functional domains and motifs?
?????11）Redirect to related literatures?
?????12）Convert gene identifiers from one type to another.
And more?
鼠標移至“Shortcut to DAVID Tools”,下拉菜單中有四個主要功能1）Functional Annotation（功能注釋）a)Functional Annotation Clustering:使用模糊聚類方法枕扫，對被注釋上的?Terms?做聚 類陪腌，即?Terms?被分成多組，并將給出聚類的分值。分值越高诗鸭，代表該組內(nèi)的基因在基因列表中越重要商叹。?b)Functional Annotation Chart：進行?GO?功能富集分析和?KEGG?
pathway?富集分析。C)Functional Annotation Table：該工具實現(xiàn)了基因的功能注釋只泼，將輸入列表中每個基因在選定數(shù)據(jù)庫中的注釋以表格形式呈現(xiàn)剖笙。2）Gene?Functional Classification（基因功能聚類），通常將功能相關的基因聚集在一個單元请唱，分值越高弥咪，代表該基因重要性越高。3)Gene ID Conversion：對基因不同表示方法進行轉(zhuǎn)換十绑。4）Gene Name Batch Viewer：顯示基因名稱聚至，ID，所屬物種及相關基因本橙。
接下來我們用示例來介紹它的功能注釋扳躬，以PDCD1，CTLA4甚亭，LAG3贷币，TNFRSF18，CD80?亏狰，F(xiàn)OXP3?為例役纹。首先我們選擇“Shortcut to DAVID Tools”，再點擊“Functional Annotation”暇唾。在左上角Upload中輸入多基因列表促脉，可以每行一個基因或者用逗號隔開。在選擇相應物種策州，如人選擇human瘸味，在選擇identifier,如果是基因ID則選擇GENE?ID，這里我們是用了基因名稱够挂，選擇了official-gene-symbol旁仿。下一步點擊USE。在右側(cè)跳出注釋概要信息下硕，點擊“Disease”丁逝，我們可以看到這些基因和哪些疾病有關聯(lián)∷笮眨“Functional_Categories”功能類別霜幼，點擊右側(cè)長條可以顯示這些基因參與了哪些功能，如凋亡,3D結(jié)構等誉尖。
繼續(xù)下拉罪既，有“Gene_Ontology”，主要包括三個方面，BP（生物學過程琢感，biological process）,CC(細胞組分丢间，cellular component), MF(分子功能，Molecular Function)驹针。通過GO富集分析烘挫，可以查閱這些基因生物學功能，定位和生物過程柬甥。
我們可以選擇這三個TERM一起分析饮六，如果需要單獨分析，點擊你想要分析的TERM苛蒲，下拉菜單卤橄，點擊“Function Annotation Chart”進行富集分析。在跳出來的結(jié)果中臂外，我們發(fā)現(xiàn)有9個chart records窟扑，表格中右側(cè)“count”則顯示該TERM對應你的幾個基因，點擊上側(cè)“options”漏健，我們可以把FDR選擇上（注：FDR:DAVID中的FDR要求自適應線性升壓調(diào)整p值嚎货，以近似控制錯誤發(fā)現(xiàn)率，如Benjamini和Hochberg（2000）中所討論的漾肮。使用最小斜率法估計真零假設的數(shù)）厂抖。右擊“?DownloadFile”，鏈接保存txt格式后克懊，用EXCEL打開該數(shù)據(jù)。
在打開的excel文檔中七蜘，我們挑選GO-term, Count谭溉，?p?值和?FDR?值。增加一列橡卤，對p值進行-LOG（）轉(zhuǎn)換扮念，保存為文本格式。利用MID函數(shù)(字符串碧库，起始位置柜与，保留字符的個數(shù)）將TERM波浪號以及之前的內(nèi)容刪除，利用新的term和count進行作圖嵌灰，利用EXCEl的插入圖形按鈕弄匕，點擊“二維條形圖”進行繪制。這里我覺得WPS的表格比OFFICE好用的太多了沽瞭。然后我們通過升序排列整齊迁匠。按自己的需求編輯表格格式。同樣我們也可以粘貼為三線表格式。
前面介紹了利用DAVID在線分析工具進行GO注釋城丧，接下來介紹利用DAVID進行KEGG富集分析延曙，操作如前，我們在LIST輸入我們的多個基因亡哄，在功能注釋界面枝缔，我們選擇“Pathways”,同樣我們以PDCD1，CTLA4蚊惯，LAG3愿卸，TNFRSF18，CD80?拣挪，F(xiàn)OXP3?為例擦酌。我們點擊右上角“clear all”，選擇“KEGG?Pathway”,點擊“Function?Annotation Chart”菠劝，我們可以看到我們檢索的基因有4個records赊舶。點擊TERM，可以查到富集的信號通路赶诊，今天很意外的是我沒有打開笼平，可能服務器出現(xiàn)了問題，顯示service unavailable舔痪≡⒌鳎可能換個時間段就可以了。
另外我們常用功能就是對其GENE?ID轉(zhuǎn)換锄码，如official symbols和?GENE?ID間轉(zhuǎn)換夺英，這里就不一一演示了。
今天就簡單介紹這里滋捶，咱們后期再見痛悯。
