01

基于8萬(wàn)+單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)繪制的第一版高精度人類(lèi)腎臟組織圖譜

腎臟是人體中具有最多樣化細(xì)胞群和空間組織的器官之一虽填，探索腎臟組織內(nèi)的結(jié)構(gòu)-功能關(guān)系對(duì)于了解腎臟的生理學(xué)和病理學(xué)特征具有重要意義瘤袖。

該研究對(duì)56名健康成人志愿者的腎組織進(jìn)行了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)干旁、蛋白質(zhì)組學(xué)嵌言、兩種基于成像的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)和一種空間代謝組學(xué)的檢測(cè)窄绒，并對(duì)這些多組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行整合汞贸，基于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)識(shí)別對(duì)應(yīng)區(qū)域的細(xì)胞類(lèi)型和基因表達(dá)侥蒙，轉(zhuǎn)錄組和蛋白組數(shù)據(jù)突出了基因或蛋白質(zhì)的相對(duì)表達(dá)水平對(duì)指示腎臟相應(yīng)解剖區(qū)域的重要性暗膜。然后結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，確認(rèn)了沿腎單位和間質(zhì)排列的不同細(xì)胞亞型鞭衩。

通過(guò)多組學(xué)數(shù)據(jù)整合学搜，不僅能夠從不同維度解析機(jī)體的功能，也能提高結(jié)果的準(zhǔn)確性论衍。該研究所繪制的人類(lèi)腎臟組織圖譜可為腎臟組織細(xì)胞的分子分類(lèi)提供新的框架瑞佩，幫助定義患者在不同疾病狀態(tài)下受到的分子干擾。

02

Cell文章：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組解析黑色素瘤顱內(nèi)與顱外腦轉(zhuǎn)移細(xì)胞圖譜差異

腦轉(zhuǎn)移是許多惡性腫瘤發(fā)展的終末期標(biāo)志坯台，排名前三的是肺癌炬丸、乳腺癌和黑色素瘤。許多腦轉(zhuǎn)移的病人免疫治療響應(yīng)不理想，導(dǎo)致生存率低稠炬。但是為什么有的人容易發(fā)生顱內(nèi)轉(zhuǎn)移焕阿，而有的人容易發(fā)生顱外轉(zhuǎn)移呢？

本篇文章收集了22例未經(jīng)治療的黑色素瘤顱內(nèi)轉(zhuǎn)移病人樣本和10份顱外轉(zhuǎn)移樣本首启，通過(guò)單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)暮屡，得到114455個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，確定了9種細(xì)胞類(lèi)型毅桃，同時(shí)結(jié)合跨度15年的冷凍病理樣本進(jìn)行多組學(xué)檢測(cè)褒纲，發(fā)現(xiàn)顱內(nèi)轉(zhuǎn)移惡性腫瘤細(xì)胞的基因組變異比顱外轉(zhuǎn)移更大，基因組更加不穩(wěn)定钥飞；然后作者比較了顱內(nèi)和顱外轉(zhuǎn)移腫瘤細(xì)胞的異同莺掠，基因聚類(lèi)結(jié)果顯示顱內(nèi)轉(zhuǎn)移的腫瘤細(xì)胞高表達(dá)腫瘤生長(zhǎng)發(fā)育、腫瘤環(huán)境維護(hù)以及神經(jīng)元分化读宙、形變以及粘附的基因汁蝶，氧化磷酸化和PI3K等信號(hào)通路也高度活化；而顱外轉(zhuǎn)移則高表達(dá)表皮細(xì)胞向間充質(zhì)轉(zhuǎn)變的基因论悴，高度活化的通路包括細(xì)胞粘附以及MTORC1等，進(jìn)一步確證了顱內(nèi)和顱外轉(zhuǎn)移的異質(zhì)性墓律；機(jī)制研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)除了顱內(nèi)轉(zhuǎn)移的腫瘤細(xì)胞具有神經(jīng)元樣表型有可能促進(jìn)腫瘤顱內(nèi)轉(zhuǎn)移之外膀估，單核細(xì)胞來(lái)源的巨噬細(xì)胞的原致癌特性和漿細(xì)胞的空間依賴(lài)性也有可能參與了腫瘤的顱內(nèi)轉(zhuǎn)移。

總之耻讽，本文作者通過(guò)多維度單細(xì)胞圖譜分析揭示了人黑色素瘤未經(jīng)治療情況下顱內(nèi)轉(zhuǎn)移和顱外轉(zhuǎn)移的區(qū)別察纯，包括基因組和轉(zhuǎn)錄譜變化以及腫瘤微環(huán)境差異。

03

同濟(jì)大學(xué)王佐林團(tuán)隊(duì)鑒定頜面骨再生新細(xì)胞譜系

括上頜骨和鼻骨在內(nèi)的頜面骨是影響中臉輪廓和功能的重要骨骼結(jié)構(gòu)针肥。不同原因引起的頜面骨缺損會(huì)嚴(yán)重影響面部輪廓以及言語(yǔ)饼记、咀嚼和吞咽等生理功能。上頜骨體內(nèi)有一個(gè)特殊的解剖結(jié)構(gòu)慰枕，稱(chēng)為上頜竇具则，其腔內(nèi)襯有Schneiderian膜（SM），是呼吸上皮的延伸具帮，前期有研究表明顱骨區(qū)域的骨祖細(xì)胞主要位于顱骨的骨膜或縫合間質(zhì)博肋，在軸向或四肢骨組織再生能力隨著年齡和雌激素的減少而下降。而1210例MSFL后上頜骨再生臨床病例的影像學(xué)分析顯示蜂厅，鼻竇內(nèi)成骨效果與年齡和性別無(wú)關(guān)匪凡，這可能與排列在鼻竇腔內(nèi)的Schneiderian膜有關(guān)。

本研究利用小鼠模型來(lái)模擬臨床MSFL掘猿。通過(guò)單細(xì)胞RNA測(cè)序和基于流式細(xì)胞術(shù)的批量RNA測(cè)序病游，鑒定了一種新的Krt 14+Ctsk+細(xì)胞亞群，它同時(shí)具有上皮和間充質(zhì)特性以及骨祖細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組學(xué)特征稠通。譜系追蹤和功能喪失分析發(fā)現(xiàn)Krt 14+Ctsk+后代對(duì)MSFL誘導(dǎo)的成骨和生理性骨穩(wěn)態(tài)都有貢獻(xiàn)衬衬。

該研究表明Krt 14+Ctsk+細(xì)胞可作為頜面骨再生中骨祖細(xì)胞的新譜系买猖。

04

顛覆認(rèn)知：?jiǎn)渭?xì)胞助力發(fā)現(xiàn)一類(lèi)新的ILC3亞群并揭示其在促進(jìn)腸道健康中的作用

哺乳動(dòng)物的腸道中富集著一群高表達(dá)類(lèi)視黃醇相關(guān)孤兒受體γ(RORγt)的免疫細(xì)胞，其中就包括III型固有淋巴細(xì)胞（ILC3s）佣耐，ILC3在腸道疾病中的作用已經(jīng)有多篇文章研究政勃，中科院生物物理所范祖森和王碩在cell research的一篇文章就曾提到ILC3s轉(zhuǎn)換為ILCregs，會(huì)促進(jìn)腫瘤生長(zhǎng)兼砖，干預(yù)ILC轉(zhuǎn)化率可能是CRC免疫治療的一種策略奸远。無(wú)獨(dú)有偶，在Cell的一篇文章中也提到TGF-β信號(hào)在ILC3s向ILCregs轉(zhuǎn)化中非常重要讽挟，阻斷TGF-β可以抑制ILCreg的分化懒叛，進(jìn)而改善結(jié)直腸癌的免疫治療。

本文則是從RORγt+免疫細(xì)胞出發(fā)來(lái)解析小鼠腸道免疫細(xì)胞的異質(zhì)性耽梅，然而卻發(fā)現(xiàn)ILC3亞群特異性表達(dá)cDC的轉(zhuǎn)錄因子ZBTB46薛窥，尤其實(shí)在CCR6+亞群中，并且研究發(fā)現(xiàn)炎癥信號(hào)能夠顯著上調(diào)ILC3中ZBTB46的表達(dá)眼姐，其表達(dá)水平與疾病進(jìn)程相關(guān)诅迷。研究人員進(jìn)一步利用ZBTB46敲除小鼠研究發(fā)現(xiàn)ZBTB46能夠抑制ILC3的促炎反應(yīng)，增強(qiáng)腸道免疫耐受众旗，ZBTB46+ILC3能夠促進(jìn)腸道健康微環(huán)境罢杉，是腸道中重要細(xì)胞因子IL-22的主要來(lái)源，該細(xì)胞群確實(shí)會(huì)增加腸道致病菌感染風(fēng)險(xiǎn)和相關(guān)炎癥的易感性贡歧。

該研究挑戰(zhàn)了傳統(tǒng)免疫學(xué)的理論認(rèn)知滩租，發(fā)現(xiàn)了一個(gè)新的表達(dá)ZBTB46的免疫細(xì)胞亞群，并揭示了其調(diào)控腸道穩(wěn)態(tài)的作用機(jī)制利朵。

05

單細(xì)胞核RNA測(cè)序揭示膠質(zhì)母細(xì)胞瘤進(jìn)展過(guò)程中的免疫圖譜

本研究通過(guò)scRNA-seq和流式細(xì)胞術(shù)對(duì)基因工程小鼠正常大腦和GBM兩個(gè)發(fā)展時(shí)期的樣本進(jìn)行分析律想，揭示了整個(gè)腫瘤過(guò)程中免疫細(xì)胞組成的大規(guī)模、全面的縱向變化绍弟。

隨著GBM發(fā)展技即，發(fā)現(xiàn)GBM中存在一個(gè)高度增殖的小膠質(zhì)細(xì)胞群體，并且大部分細(xì)胞因子及其受體在免疫細(xì)胞中表達(dá)樟遣，很少來(lái)自EGFR+癌細(xì)胞姥份；在晚期的腫瘤中發(fā)現(xiàn)了抗炎的巨噬細(xì)胞和致癌原細(xì)胞。髓源性抑制細(xì)胞年碘，這種演變與血腦屏障的破壞和表皮生長(zhǎng)因子GBM+細(xì)胞的廣泛增長(zhǎng)相一致澈歉。IR/TMZ治療能夠通過(guò)促進(jìn)效應(yīng)CD8T細(xì)胞功能，提高生存期屿衅。

本研究結(jié)果為GBM進(jìn)展過(guò)程中免疫和非免疫細(xì)胞的動(dòng)態(tài)變化提供了一個(gè)新的視角埃难，也為疾病的治療指明了新的方向。

參考文獻(xiàn)：

[1]? Hansen J, Sealfon R, Menon R, Eadon MT, Lake BB, Steck B, Anjani K, Parikh S, Sigdel TK, Zhang G, Velickovic D, Barwinska D, Alexandrov T, Dobi D, Rashmi P, Otto EA, Rivera M, Rose MP, Anderton CR, Shapiro JP, Pamreddy A, Winfree S, Xiong Y, He Y, de Boer IH, Hodgin JB, Barisoni L, Naik AS, Sharma K, Sarwal MM, Zhang K, Himmelfarb J, Rovin B, El-Achkar TM, Laszik Z, He JC, Dagher PC, Valerius MT, Jain S, Satlin LM, Troyanskaya OG, Kretzler M, Iyengar R, Azeloglu EU; Kidney Precision Medicine Project. A reference tissue atlas for the human kidney. Sci Adv. 2022 Jun 10;8(23):eabn4965. doi: 10.1126/sciadv.abn4965. Epub 2022 Jun 8. PMID: 35675394; PMCID: PMC9176741.

[2] Biermann J, Melms JC, Amin AD, Wang Y, Caprio LA, Karz A, Tagore S, Barrera I, Ibarra-Arellano MA, Andreatta M, Fullerton BT, Gretarsson KH, Sahu V, Mangipudy VS, Nguyen TTT, Nair A, Rogava M, Ho P, Koch PD, Banu M, Humala N, Mahajan A, Walsh ZH, Shah SB, Vaccaro DH, Caldwell B, Mu M, Wünnemann F, Chazotte M, Berhe S, Luoma AM, Driver J, Ingham M, Khan SA, Rapisuwon S, Slingluff CL Jr, Eigentler T, R?cken M, Carvajal R, Atkins MB, Davies MA, Agustinus A, Bakhoum SF, Azizi E, Siegelin M, Lu C, Carmona SJ, Hibshoosh H, Ribas A, Canoll P, Bruce JN, Bi WL, Agrawal P, Schapiro D, Hernando E, Macosko EZ, Chen F, Schwartz GK, Izar B. Dissecting the treatment-naive ecosystem of human melanoma brain metastasis. Cell. 2022 Jul 7;185(14):2591-2608.e30. doi: 10.1016/j.cell.2022.06.007. PMID: 35803246.

[3] Weng Y, Wang H, Wu D, Xu S, Chen X, Huang J, Feng Y, Li L, Wang Z. A novel lineage of osteoprogenitor cells with dual epithelial and mesenchymal properties govern maxillofacial bone homeostasis and regeneration after MSFL. Cell Res. 2022 Jul 12. doi: 10.1038/s41422-022-00687-x. Epub ahead of print. PMID: 35821090.

[4] Zhou W, Zhou L, Zhou J; JRI Live Cell Bank, Chu C, Zhang C, Sockolow RE, Eberl G, Sonnenberg GF. ZBTB46 defines and regulates ILC3s that protect the intestine. Nature. 2022 Jul 13. doi: 10.1038/s41586-022-04934-4. Epub ahead of print. PMID: 35831503.

[5] Yeo AT, Rawal S, Delcuze B, Christofides A, Atayde A, Strauss L, Balaj L, Rogers VA, Uhlmann EJ, Varma H, Carter BS, Boussiotis VA, Charest A. Single-cell RNA sequencing reveals evolution of immune landscape during glioblastoma progression. Nat Immunol. 2022 Jun;23(6):971-984. doi: 10.1038/s41590-022-01215-0. Epub 2022 May 27. PMID: 35624211; PMCID: PMC9174057.

免責(zé)聲明：本文資源來(lái)源于網(wǎng)絡(luò)，版權(quán)歸原作者所有涡尘，本文資源僅供學(xué)習(xí)使用忍弛，不作任何商業(yè)用途，若有侵權(quán)考抄，請(qǐng)聯(lián)系后臺(tái)刪除细疚。