本系列課程要求大家有一定的R語言基礎(chǔ)，對于完全零基礎(chǔ)的同學(xué)痰洒，建議去聽一下師兄的《生信必備技巧之——R語言基礎(chǔ)教程》瓢棒。本課程將從最基本的繪圖開始講解，深入淺出的帶大家理解和運(yùn)用強(qiáng)大而靈活的ggplot2包带迟。內(nèi)容包括如何利用ggplot2繪制散點(diǎn)圖音羞、線圖、柱狀圖仓犬、添加注解嗅绰、修改坐標(biāo)軸和圖例等。
本次課程所用的配套書籍是：《R Graphic Cookbooks》
除了以上的基本圖形外搀继，師兄還會給大家講解箱線圖窘面、提琴圖、熱圖叽躯、火山圖财边、氣泡圖、傻闫铮基圖酣难、PCA圖等各種常用的生信圖形的繪制谍夭，還不趕緊加入收藏夾，跟著師兄慢慢學(xué)起來吧憨募！
第一章：快速探索數(shù)據(jù)
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柱狀圖：
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基礎(chǔ)的可以用barplot來畫：
barplot(BOD$demand,names.arg = BOD$Time) # 有時“條形圖”指的是一個圖表紧索，其中的條形圖代表了每個類別的案例數(shù)。 # 這類似于直方圖菜谣，但是x軸是離散的珠漂，而不是連續(xù)的。這個時候就要用table函數(shù)生成每個類別的計(jì)數(shù)尾膊； barplot(table(mtcars$cyl))條形01.png
條形02.png -
使用qplot
# 使用qplot() qplot(mtcars$cyl) qplot(factor(mtcars$cyl))
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條形03.png
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大家能否想想ggplot該怎么畫同樣的圖呢媳危？
# stat="bin"（默認(rèn)）：柱高為各個分類數(shù)目；stat="identity"柱高分類所占比例冈敛。 ggplot(BOD,aes(factor(Time),demand)) + geom_bar(stat = "identity") ggplot(mtcars,aes(factor(cyl))) + geom_bar()
條形05.png
條形06.png
條形07.png
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直方圖：
直方圖是數(shù)值數(shù)據(jù)分布的精確圖形表示待笑。 這是一個連續(xù)變量的概率分布的估計(jì)，并且被卡爾·皮爾遜（Karl Pearson）首先引入抓谴。
它是一種條形圖滋觉。 為了構(gòu)建直方圖，第一步是將值的范圍分段齐邦，即將整個值的范圍分成一系列間隔，然后計(jì)算每個間隔中有多少值第租。 這些值通常被指定為連續(xù)的措拇，不重疊的變量間隔。 間隔必須相鄰慎宾，并且通常是（但不是必須的）相等的大小丐吓。
- 基礎(chǔ)方法：hist函數(shù)：
hist(mtcars$mpg) hist(mtcars$mpg,breaks = 10) # breaks參數(shù)指定組數(shù)；
直方圖01.png
- 使用qplot
#qplot()
qplot(mpg,data = mtcars, binwidth = 4) # binwidth參數(shù)指定組距趟据；
直方圖02.png
- 使用ggplot2
#等價于
ggplot(data = mtcars,aes(x = mpg)) + geom_histogram(binwidth = 2)
直方圖03.png
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