2021-08-02 M6A 相關(guān)生物信息學(xué)分析表明 HNRNPC 通過 EMT 促進(jìn) OSCC 的進(jìn)展

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越來越多的證據(jù)表明 N6-甲基腺苷 (m6A) 在癌癥進(jìn)展中起著至關(guān)重要的作用挠他。因此,我們旨在探索 m6A 相關(guān)基因在口腔鱗狀細(xì)胞癌 (OSCC) 中的預(yù)后相關(guān)性。首先漠其,從癌癥基因組圖譜(TCGA)下載表達(dá)譜,然后提取 m6A 相關(guān)基因竿音。然后和屎,使用聚類分析和主成分分析(PCA)分析 m6A 相關(guān)基因。差異表達(dá)分析在R軟件中進(jìn)行春瞬。此外柴信,構(gòu)建了風(fēng)險模型,并選擇了關(guān)鍵的 m6A 基因來探索其在 OSCC 細(xì)胞中的生物學(xué)效應(yīng)宽气。共提取13個m6A相關(guān)基因随常,鑒定出8個差異表達(dá)基因。隨后萄涯,基于 m6A 的聚類顯示了具有不同臨床結(jié)果的 2 個亞型绪氛。此外,成功建立風(fēng)險模型涝影。通過單變量和多變量 cox 回歸分析钞楼,在 13 個 m6A 相關(guān)基因中,只有異質(zhì)核核糖核蛋白 C (HNRNPC) 可能是獨(dú)立的生物標(biāo)志物和 OSCC 中不利的總生存期袄琳。功能研究表明询件,HNRNPC 的過表達(dá)通過上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化 (EMT) 促進(jìn)了 OSCC 的癌變∷舴總之宛琅,建立了OSCC中m6A相關(guān)基因的風(fēng)險模型。隨后逗旁,HNRNPC被證明可促進(jìn)OSCC的致癌作用嘿辟,是OSCC的獨(dú)立生物標(biāo)志物預(yù)后生物標(biāo)志物舆瘪,表明它可能是OSCC的新生物標(biāo)志物和治療靶點。

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m6A相關(guān)基因的鑒定差異表達(dá)分析
OSCC中M6A相關(guān)基因的表達(dá)水平和相關(guān)性红伦。(A)基于TCGA數(shù)據(jù)庫的317個OSCC樣本和32個正常對照m6A表達(dá)水平英古。N代表正常對照,而T代表腫瘤樣本昙读。差異在 p <0.05 * 處被認(rèn)為是顯著的召调;p <0.01;p <0.001*蛮浑。熱圖中升序的標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)水平從綠色到紅色唠叛。( B ) 13 個 m6A 相關(guān)基因的差異表達(dá)分析。藍(lán)色代表正常對照沮稚,而紅色 OSCC 樣品艺沼。(C)13個m6A相關(guān)基因之間的相關(guān)性。圖中上升的歸一化相關(guān)水平從藍(lán)色到紅色蕴掏。

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基于 M6A 的聚類顯示 OSCC 的 2 種亞型
基于 m6A 相關(guān)基因的聚類分析障般。( A , B ) 聚類分析表明 TCGA 中的 317 個 OSCC 樣本可分為 2 組。(C)cluster1 和2 之間的生存分析盛杰。(D)在聚類分析的基礎(chǔ)上進(jìn)行主成分分析剩拢。PCA1代表主成分分析1,而PCA2代表主成分分析2饶唤。(E)聚類分析與臨床特征的相關(guān)性(等級徐伐,p=0.0352)。N代表TNM系統(tǒng)中的N分類募狂,T代表TNM系統(tǒng)中的T分類办素。

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cox回歸模型的建立
cox回歸模型的構(gòu)建。(A)基于風(fēng)險評分水平和臨床特征在 R 軟件中執(zhí)行的熱圖(等級 p=0.003)祸穷。N代表TNM系統(tǒng)中的N分類性穿,T代表TNM系統(tǒng)中的T分類。( B ) 基于風(fēng)險評分的生存分析雷滚。( C ) 分化等級的風(fēng)險評分分布需曾。y 軸代表風(fēng)險評分水平,x 軸代表不同的等級(grade1 vs Grade2祈远,p=0.0002呆万;grade1 vsgrade3+4,p=0.0001)车份。( D , E ) 根據(jù)風(fēng)險評分和臨床特征進(jìn)行單變量 cox 回歸和多變量 cox 回歸谋减。N代表TNM系統(tǒng)中的N分類,T代表TNM系統(tǒng)中的T分類扫沼。

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HNRNPC 促進(jìn) OSCC 增殖出爹、遷移庄吼、侵襲和 EMT(上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化)
HNRNPC 促進(jìn) OSCC 細(xì)胞系的增殖。( A ) Si-HNRNPC 抑制 scc15 細(xì)胞系中的細(xì)胞增殖(48 小時 p=0.0002严就,72 小時 p<0.0001)总寻。( B ) Si-HNRNPC 抑制 scc25 細(xì)胞系中的細(xì)胞增殖(48 小時 p=0.0001,72 小時 p=0.0073)梢为。( C ) HNRNPC 的過表達(dá)促進(jìn)了 scc9 細(xì)胞系的增殖(48 小時 p=0.0021渐行,72 小時 p=0.0035)。( D ) HNRNPC 的過表達(dá)促進(jìn)了 cal27 細(xì)胞系的增殖(48 小時 p=0.0018抖誉,72 小時 p=0.0022)殊轴。

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檢測遷移和入侵能力衰倦。(A袒炉,B)在scc15細(xì)胞系和cal27細(xì)胞系中檢測到遷移和侵襲能力。HNRNPC的過表達(dá)促進(jìn)了OSCC細(xì)胞的遷移和侵襲樊零,而HNRNPC的敲低則相反我磁。(C,D)用Westernbolt測定檢測EMT標(biāo)記驻襟。EMT通路的激活加速了OSCC的遷移和侵襲夺艰。

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OSCC 細(xì)胞系中的劃痕愈合試驗。劃痕愈合試驗用于評估scc15細(xì)胞系(A沉衣,p=0.0079)郁副、scc25細(xì)胞系(B,p=0.0136)豌习、cal27細(xì)胞系(C存谎,p=0.0068)和scc9細(xì)胞系(D, p = 0.0066)肥隆。

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