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蛋白質(zhì)是生命功能的執(zhí)行者，一切生命活動都與蛋白質(zhì)有關蜒茄。
我們知道唉擂，蛋白質(zhì)結構分為一級結構和空間結構，而空間結構包含二級三級和四級結構檀葛，空間結構是蛋白質(zhì)功能的關鍵玩祟。而一級結構又決定空間結構，也就是說空間結構的信息蘊藏在一級結構中屿聋。
一級結構指的是蛋白質(zhì)中氨基酸的排列順序空扎，和DNA一級結構一致。
也就是說蛋白質(zhì)發(fā)揮什么功能润讥，基本在一級結構中就確定了转锈。
對蛋白質(zhì)序列進行基本信息分析可以幫助了解蛋白質(zhì)的基本信息。這主要有分子量楚殿，等電點pI,氨基酸組成撮慨，親疏水性質(zhì)等的分析。
5.1 強大的ExPASy（Expert Protein Analysis System）
ExPASy提供一系列的蛋白質(zhì)厲害性質(zhì)的工具，包含的蛋白分析工具十分全面砌溺。瑞士生物信息學研究院進行維護影涉，和前述的EBI和PIR聯(lián)合組成了UniProt數(shù)據(jù)庫。
注意：網(wǎng)站聲明tools頁面不再進行更新规伐，但鏈接依然生效蟹倾。
ExPASy
5.1.1 未知的蛋白質(zhì)氨基酸組成分析AACompIdent
該工具通過將未知的氨基酸組成百分比與Uniprot數(shù)據(jù)庫中的蛋白質(zhì)理論氨基酸組成百分比進行匹配，從而對未知蛋白質(zhì)進行鑒定識別
結果之一如下
說明楷力，郵件會有三張表格分別解釋如下
- 1 第一張表喊式，包含的蛋白質(zhì)基于特定物種分類，但不考慮pI和分子量限制
- 2 第二張表萧朝，包含不考慮物種岔留，pI和分子量限制的全部蛋白質(zhì)
- 3 第三張表同時既基于特定物種，又考慮pI和分子量检柬。
每張表的解釋献联，Rank越靠前的,Score越低，分越低代表最優(yōu)匹配何址。如果score為0表示里逆，輸入的未知蛋白的組成與數(shù)據(jù)庫中的序列完全符合。
5.1.2氨基酸的理化性質(zhì)分析
包括氨基酸組成用爪，pI原押，MW，消光系數(shù)偎血，親/疏水性诸衔。
工具：ProParam
提交的格式可以是Swissprot的記錄號也可以是氨基酸序列，輸入一段TIGD1序列颇玷，提交笨农，結果如下
部分結果解釋
- 消光系數(shù)： 表示蛋白質(zhì)對某波長的吸收能力。Protparam不考慮蛋白質(zhì)二級和三級結構的情況下帖渠，根據(jù)氨基酸組成來估算消光系數(shù)谒亦。準確的需要實驗獲得。
- 體內(nèi)半衰期：蛋白質(zhì)在細胞內(nèi)合成后空郊，含量消失一半所需要的時間份招，用來衡量蛋白質(zhì)的穩(wěn)定性。Protparam可以預測蛋白質(zhì)在人狞甚，酵母和大腸桿菌中的體內(nèi)半衰期脾还，可以作為其他物種內(nèi)的參考。
- 不穩(wěn)定系數(shù)：作文蛋白質(zhì)在體外測試中穩(wěn)定性的參考值入愧。40以下，提示穩(wěn)定性好，大于40提示蛋白質(zhì)可能不穩(wěn)定棺蛛。
- 脂肪指數(shù)：蛋白質(zhì)中脂肪族側鏈氨基酸（Ala怔蚌，Val，Leu旁赊，Ile）含量的相對值桦踊，可以作為球狀蛋白質(zhì)熱穩(wěn)定性增加的一個有利因素。
- 蛋白質(zhì)的總平均親水性：預測蛋白質(zhì)中所有氨基酸的親水性值總和初一氨基酸殘基數(shù)量得到终畅。
5.1.3 蛋白質(zhì)的親疏水性分析
疏水性氨基酸具有相互聚合隱藏到蛋白質(zhì)分子內(nèi)部的趨勢籍胯，這種力稱為疏水作用力，維持蛋白質(zhì)三級結構的主要作用力离福。因為氨基酸的親疏水性是構成蛋白質(zhì)折疊的主要驅(qū)動力之一杖狼，因此蛋白質(zhì)親水性分布可以反映蛋白質(zhì)的折疊情況。 蛋白質(zhì)總體折疊結構是親水基團向外妖爷，疏水基團向內(nèi)蝶涩，并在跨膜區(qū)形成高疏水值區(qū)域，據(jù)此可以測定蛋白質(zhì)的跨膜螺旋等二級結構的位置絮识。
工具ProtScale
結果如下
結果說明
- 縱坐標Score绿聘，大于0表示疏水性，小于0表示親水性次舌。
