1.文庫：DNA文庫嚴(yán)格來講應(yīng)稱作cDNA文庫，中文名稱是基因文庫，是指某生物基因組中所有可表達(dá)的基因片段草姻，經(jīng)mRNA反轉(zhuǎn)錄后獲得相應(yīng)的cDNA的集合，將這些cDNA的集合經(jīng)轉(zhuǎn)入和克隆后貯存于受體細(xì)胞群落中，這個受體細(xì)胞群落即構(gòu)成該生物的cDNA文庫玷氏。教科書定義：某種生物的基因組轉(zhuǎn)錄的所有mRNA經(jīng)反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生的各種cDNA片段分別與克隆載體重組姥卢，貯存在一種受體菌克隆子群體之中，這樣群體稱為cDNA文庫扶平。途徑：1.將某種生物的基因組的轉(zhuǎn)錄部分帆离，通過mRNA反轉(zhuǎn)錄，產(chǎn)生大量相應(yīng)的cDNA片段结澄。2.將這些不同的cDNA片段與載體結(jié)合形成各種相應(yīng)DNA重組體哥谷。3.將DNA重組體導(dǎo)入宿主細(xì)胞。注意：因為轉(zhuǎn)入過程是隨機(jī)的麻献，因此宿主細(xì)胞要有一定的數(shù)量们妥，以確保能夠獲得所有類型的DNA重組體。4.經(jīng)克隆后勉吻，這些cDNA片段就貯存在一個受體細(xì)胞的群落中监婶，其中每個受體細(xì)胞都含有一種或幾種cDNA，而整個群落則含有這個生物全部的cDNA齿桃，這個群落就構(gòu)成了這種生物的cDNA文庫惑惶。用途：由于cDNA文庫包含了該生物所有的可表達(dá)基因片段，因此可隨時篩選出需要的目的基因片段短纵。不必再通過PCR制備带污，可以節(jié)省時間和成本，提高效率踩娘。cDNA文庫與基因組文庫的區(qū)別：途徑不同：cDNA文庫是經(jīng)mRNA反轉(zhuǎn)錄cDNA獲得的刮刑；基因組文庫是將完整的DNA經(jīng)限制性內(nèi)切酶切割得到的。內(nèi)容不同：cDNA文庫只含有部分基因組信息养渴，即可編碼能轉(zhuǎn)錄的那部分基因片段雷绢；基因組文庫包含了基因組內(nèi)所有的基因片段。
2.基因芯片(genechip)（又稱DNA芯片理卑、生物芯片）的原型是80年代中期提出的翘紊。基因芯片的測序原理是雜交測序方法藐唠，即通過與一組已知序列的核酸探針雜交進(jìn)行核酸序列測定的方法帆疟，在一塊基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探針。當(dāng)溶液中帶有熒光標(biāo)記的核酸序列TATGCAATCTAG宇立，與基因芯片上對應(yīng)位置的核酸探針產(chǎn)生互補(bǔ)匹配時踪宠，通過確定熒光強(qiáng)度最強(qiáng)的探針位置，獲得一組序列完全互補(bǔ)的探針序列妈嘹。據(jù)此可重組出靶核酸的序列柳琢。
名詞解釋：
Read depth?Read深度：一個樣本測序得到的reads數(shù)；容易和基因組測序的覆蓋度 (多少基因組區(qū)域被測到了)和測序深度混淆 (單個核苷酸被測到的次數(shù)或所有核苷酸被測到的平均深度)。
Short-read?短讀長：測序得到的長度最大是500 bp的reads柬脸，常見的測序片段長度為100-300 bp他去；本文中的短讀長測序片段代表測到的mRNA片段和降解了的mRNA。
Long-read?長讀長：測序得到的超過1000 bp的reads倒堕，本文中代表全長或近乎全長的mRNA灾测。
Direct RNA sequencing?(dRNA-seq): 直接測序RNA而非cDNA的測序技術(shù)，通常用于測序全長或近全長的mRNA 垦巴。
Multi-mapped reads?多重比對的reads：從轉(zhuǎn)錄組同源區(qū)域測序得到的reads媳搪，不能精確確認(rèn)其轉(zhuǎn)錄本或基因組的來源。
Synthetic long reads?合成long reads：通過組裝多個短讀長得到長讀長的方法骤宣。
唯一分子標(biāo)識符（UMIs）：在擴(kuò)增前蛾号，構(gòu)建RNA-seq文庫的時候加入的短序列或barcodes，理想情況下每條轉(zhuǎn)錄本結(jié)合一個唯一的標(biāo)識符涯雅，含有此標(biāo)識符的reads都來源于此轉(zhuǎn)錄本，定量時只計算一次展运』钅妫可以用來降低RNA-seq的定量偏好性，在RNA起始量低的單細(xì)胞實驗中尤為適用拗胜。
Read length?讀長：單個測序reads的長度蔗候，short-read RNA測序得到的長度通常是50-150 bp。
Sensitivity?敏感性：樣本中多大比例的轉(zhuǎn)錄本會被測到埂软，敏感性越高锈遥，這一比例越高。它受樣本處理勘畔、文庫制備所灸、測序和計算偏好性的影響。
Specificity?特異性：度量差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本被正確鑒定出的比例的方法炫七，它受樣本處理爬立，文庫制備，測序和計算偏好性的影響万哪。
Duplication rates?重復(fù)Reads比率：比對到轉(zhuǎn)錄組相同位置的的測序reads的比例侠驯。在RNA-seq文庫中，一些轉(zhuǎn)錄本可能有高的重復(fù)率奕巍，因為它們在樣本中表達(dá)水平高吟策。高表達(dá)的基因的重復(fù)率很高，而低表達(dá)基因的或許有著最小的重復(fù)率的止。由此RNA-seq面臨著一個挑戰(zhàn)檩坚，該技術(shù)中大部分重復(fù)可能是高表達(dá)轉(zhuǎn)錄本帶來的真實信號，而另一些則是由于擴(kuò)增和測序偏好性造成的。
Single-end sequencing?單端測序 (SE)：只測序cDNA片段的一端效床，因其費用低睹酌，常用于只關(guān)注差異基因表達(dá)的項目中。（NGS基礎(chǔ) - 高通量測序原理）
Paired-end sequencing?雙端測序 (PE)：cDNA片段兩端分別測序剩檀，可以測序到cDNA的更多堿基憋沿，更好的識別剪接位點，常于差異基因表達(dá)分析項目沪猴。
生物學(xué)重復(fù)：對生物來源不同的樣本的多次檢測辐啄，比如來自三個個體的組織，用于捕獲生物個體自身的變化运嗜；這個變化要么是待研究的對象壶辜，要么是噪音。相較之下担租，技術(shù)重復(fù)是對同樣的樣本做重復(fù)的操作—比如砸民，對一個組織做三次處理。
Expression matrix?表達(dá)矩陣：差異表達(dá)RNA-seq項目的核心數(shù)據(jù)文件奋救。每一行代表一個RNA岭参，比如基因或者轉(zhuǎn)錄本。每一列是一個測序的樣本尝艘。矩陣中的數(shù)值是每個RNA的reads數(shù)演侯。這些可能是對轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體的計數(shù)估計，并通常在后續(xù)的分析前先進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化轉(zhuǎn)化背亥。
Spike-in control?內(nèi)參：按特定濃度添加到樣品中的外源核酸庫秒际。它們通常是預(yù)先合成的不同濃度的RNA，用于監(jiān)測反應(yīng)效率和技術(shù)方法的偏差和假陰性結(jié)果狡汉。
Spatialomics?空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)：能保留給定樣本（通常是組織切片）中每個轉(zhuǎn)錄本的空間信息的轉(zhuǎn)錄組分析方法娄徊。
Nascent RNA?新生RNA：剛剛轉(zhuǎn)錄出來的RNA，與已經(jīng)加工并運輸?shù)郊?xì)胞質(zhì)的RNA相對應(yīng)盾戴。
Translatome?翻譯組：細(xì)胞嵌莉、組織或生物體中正在翻譯成蛋白質(zhì)的mRNA集合。
Structurome?結(jié)構(gòu)組：細(xì)胞捻脖、組織或生物體中RNA的二級和三級結(jié)構(gòu)集合锐峭。
Interactome?互作組：細(xì)胞、組織和生物體中分子相互作用的集合可婶，包括有RNA-RNA或者RNA-蛋白質(zhì)的相互作用沿癞。
Differential gene expression (DGE)?差異基因：兩個實驗組中表達(dá)顯著變化的基因。
