插入/缺失（insertion-deletion矾瘾，InDel）是指在近緣種或同一物種不同個(gè)體之間基因組同一位點(diǎn)的序列發(fā)生了不同大小核苷酸片段的插入或缺失，即一個(gè)序列上某一位點(diǎn)相比同源的另一個(gè)序列插入或缺失了一個(gè)或多個(gè)堿基。InDel多態(tài)性分子標(biāo)記是基于插入/缺失位點(diǎn)兩側(cè)的序列設(shè)計(jì)特異引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增的標(biāo)記青扔，其本質(zhì)仍屬于長(zhǎng)度多態(tài)性標(biāo)記，可利用便捷的電泳平臺(tái)進(jìn)行分型酥泞。
InDel標(biāo)記的優(yōu)點(diǎn)
①密度大，僅次于SNP，遠(yuǎn)高于SSR拗秘；
②多態(tài)性豐富，覆蓋全基因組祈惶，種內(nèi)和種間都有多態(tài)性雕旨，其通用性較強(qiáng)；
③準(zhǔn)確性高捧请、變異穩(wěn)定凡涩，易于分型；
④檢測(cè)簡(jiǎn)便疹蛉，擴(kuò)增產(chǎn)物帶型清晰簡(jiǎn)單活箕；
⑤ DNA質(zhì)量要求較低，且對(duì)樣品量要求較少可款，能擴(kuò)增高度降解的DNA讹蘑。
傳統(tǒng)的InDel檢測(cè)方法主要通過聚丙烯酰胺凝膠電泳和硝酸銀染色，但該種方法需要制膠和銀染等步驟筑舅，不僅耗時(shí)耗力座慰，較難準(zhǔn)確讀出擴(kuò)增片段大小，尤其是在位點(diǎn)較多翠拣、片段差異較小時(shí)其準(zhǔn)確性會(huì)大大降低版仔；不同批次反應(yīng)數(shù)據(jù)難以統(tǒng)一處理。熒光標(biāo)記毛細(xì)管電泳采用不同顏色的熒光染料標(biāo)記引物误墓，擴(kuò)增的PCR產(chǎn)物在毛細(xì)管泳道電泳蛮粮，利用軟件進(jìn)行圖像收集和分析擴(kuò)增片段大小。熒光標(biāo)記毛細(xì)管電泳無需銀染谜慌，省時(shí)省力然想；實(shí)現(xiàn)了數(shù)據(jù)自動(dòng)化處理，降低人為誤差欣范，能準(zhǔn)確計(jì)算出擴(kuò)增片段的大小变泄，不同批次反應(yīng)數(shù)據(jù)也可以統(tǒng)一處理；可以進(jìn)行樣品高通量恼琼、位點(diǎn)高通量的檢測(cè)妨蛹；總的來說，熒光標(biāo)記毛細(xì)管電泳具有通量高晴竞、效率高蛙卤、精度高和重復(fù)性好等特點(diǎn)。
熒光標(biāo)記毛細(xì)管電泳技術(shù)不僅可以應(yīng)用在InDel檢測(cè)，也可以應(yīng)用在SSR檢測(cè)颤难、MSI檢測(cè)神年、細(xì)胞系鑒定等中。
毛細(xì)管熒光凝膠電泳結(jié)果圖
（引自201611160425 .4一種InDel位點(diǎn)基因型分型的方法 ）
熒光毛細(xì)管法InDel標(biāo)記篩選與驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)步驟：
InDel標(biāo)記的應(yīng)用：
① 種質(zhì)資源分析與分子輔助遺傳育種
遺傳育種中行嗤，作物種質(zhì)資源的鑒定具有特殊的價(jià)值瘤袖，InDel標(biāo)記技術(shù)在種質(zhì)資源鑒定中準(zhǔn)確率高，且快捷簡(jiǎn)便昂验；InDel標(biāo)記在作物的分子輔助遺傳育種領(lǐng)域中同樣應(yīng)用廣泛捂敌。?
②群體遺傳分析
目前關(guān)于群體遺傳分析的研究大多是利用SSR分子標(biāo)記技術(shù)，但SSR位點(diǎn)易發(fā)生突變使得后續(xù)結(jié)果分析模棱兩可既琴，InDel標(biāo)記的通用性較強(qiáng)占婉，且在群體遺傳分析中應(yīng)用范圍廣泛。
基于In Del標(biāo)記構(gòu)建的90份花生種質(zhì)的UPGMA聚類分析
③ 圖位克隆甫恩、基因定位及遺傳圖譜的構(gòu)建
在物種功能基因的圖位克隆中逆济，通常需要分布密度高的分子標(biāo)記，而目前已有的各種分子標(biāo)記并沒有達(dá)到令人滿意的分布密度磺箕。InDel標(biāo)記分布密度大奖慌，可滿足目的基因的精細(xì)定位。利用InDel位點(diǎn)與某些功能基因或QTL間的連鎖關(guān)系松靡，可以將功能基因或QTL定位在染色體上简僧。InDel多態(tài)性較高，可以作為分子標(biāo)記用來構(gòu)建遺傳圖譜雕欺。
黃瓜黃葉yl-5基因的精細(xì)定位
④ 法醫(yī)遺傳學(xué)及醫(yī)學(xué)診斷
InDel作為兼具SNP和STR優(yōu)點(diǎn)的分子標(biāo)記技術(shù)岛马，已應(yīng)用于法醫(yī)遺傳學(xué)領(lǐng)域。InDel標(biāo)記不僅應(yīng)用于個(gè)體識(shí)別和親緣關(guān)系鑒定屠列，而且在醫(yī)學(xué)方面也有所應(yīng)用啦逆，如利用InDel標(biāo)記能檢測(cè)出HLA與Y染色體無法檢測(cè)的微嵌合體。
一例內(nèi)蒙古赤峰蒙古族樣本的分型圖譜笛洛！
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