最近在做一批樣本挂滓，是基于大規(guī)目嘁基因組測序?qū)ふ倚碌募膊∠嚓P(guān)突變位點（snv）和indel等的。
軟件給出的結(jié)果一般都是以下形式杂彭，給出的只有突變所在基因組位置或者區(qū)間信息墓毒。
indel檢測示例1
snv檢測示例1
那么該怎么去設(shè)計PCR驗證實驗的引物呢？
首先亲怠，我們這里對snv取鑒定到的位點的上下游各400bp所计，indel的話是區(qū)間位置的上下游200-300bp。
拿上圖的snv舉例团秽，它的Start和End分別是48556379和48556379主胧，那么各加400bp，則位置變?yōu)椋?8555979和48556779习勤。同時要注意這里注釋出來時ABBCA13這個基因踪栋。
那么接下來就先在NCBI的Nucleotide數(shù)據(jù)庫檢索這個基因：
ncbi
然后選擇第一個檢索出來的GENE的鏈接：
檢索示例
再把頁面下拉到“Genomic Regions, transcripts, and products”這邊，點擊右邊的“FASTA"
檢索示例
這時候可以看到右邊有一個"Selected region”
特定基因組位置序列獲取示例
最后再把剛才取好的上下游400bp擴展后的基因組位置輸入到這個區(qū)間图毕，就得到這段的序列了夷都，然后根據(jù)序列設(shè)計驗證引物即可。
特定基因組區(qū)段的序列獲取
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找了一周方法予颤，無意中發(fā)現(xiàn)了這個囤官，因此做個記錄，懂得生信分析的同學(xué)可以利用primerdesign這個工具蛤虐，直接接在snp/indel分析下游党饮，會自動設(shè)計好引物。
