生物信息學軟件錯綜復雜侵续，平臺依賴的畴，庫依賴導致各種軟件安裝bug塘砸，為此我們這里介紹下比較常用軟件控制工具conda
conda主要有兩種版本，anaconda和miniconda钧惧，這里主要介紹miniconda3.
1.軟件的下載和安裝
# download latest conda installer
curl -O https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# run the installer
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# delete the installer after successful run
rm Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# add the conda path to our shell config files
echo 'export PATH="/home/manager/miniconda3/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
2.添加鏡像
鏡像就是我們來安裝軟件時暇韧，安軟查找需要的庫，添加實用的鏡像會讓我們安裝軟件更加迅速快捷
# Install some conda channels
# A channel is where conda looks for packages
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
3.環(huán)境
為什么要創(chuàng)建環(huán)境浓瞪，因為很多生物信息軟件在安裝的過程中锨咙，需要很多依賴，而不同的軟件需要的依賴包的版本可能不一樣追逮，
如果都將軟件安裝在conda main目錄會導致依賴包的沖突酪刀，因此，我們在很多場合下需要創(chuàng)建新的安裝環(huán)境钮孵。
????創(chuàng)建環(huán)境
????conda create -n ngs python=3
????激活環(huán)境
????conda activate ngs
????$ conda activate ngs
????# Lets look at the content of the PATH variable
????(ngs) $ echo $PATH
????/home/manager/miniconda3/envs/ngs/bin:/home/manager/miniconda3/bin:/usr/local/bin: ...
? ? 在新的環(huán)境中骂倘，我們打印出$path,發(fā)現(xiàn)現(xiàn)在在我們創(chuàng)建的新環(huán)境下，此時安裝軟件就會安裝在 envs/ngs下面巴席。
? ?退出環(huán)境
? ? conda deactivate
????刪除環(huán)境
? ? conda remove -n ngs --all
4.安裝軟件
conda install package
5.常用conda命令
# to search for packages
conda search [package]
# To update all packages
conda update --all --yes
# List all packages installed
conda list [-n env]
# conda list environments
conda env list
# create new env
conda create -n [name] package [package] ...
# activate env
conda activate [name]
# deavtivate env
conda deactivate
# view conda configuration information
conda --version
conda info?
conda info --envs
