??今天介紹兩種不依賴m6A抗體的RNA m6A修飾位點鑒定新策略:m6A-label-seq與m6A-SEAL-seq梆暖。
??m6A-label-seq [1] 通過細胞自身代謝對全轉錄組RNA m6A位點進行標記误澳,轉化為N6-烯丙基腺嘌呤(a6A)惰赋,a6A進一步通過化學處理轉化為1,6位環(huán)化腺嘌呤(cyc-A)助隧,依靠cyc-A在逆轉錄過程中引入的堿基突變宇弛,進而實現(xiàn)不依賴抗體的m6A單堿基分辨率檢測。
??m6A-SEAL-seq [2]則通過m6A消碼器FTO將m6A轉化為N6-羥甲基腺嘌呤(hm6A)挣菲,進一步通過化學反應晒旅,在m6A位點上標記生物素(Biotin)栅盲,通過鏈霉親和素珠捕獲,從而富集含有m6A修飾的RNA片段敢朱,結合高通量測序技術進行不依賴抗體的m6A檢測剪菱。
Reference
[1] Shu X, Cao J, Cheng M, et al. A metabolic labeling method detects mA transcriptome-wide at single base resolution. Nature chemical biology, 2020, 16: 887-895
[2] Wang Y, Xiao Y, Dong S, et al. Antibody-free enzyme-assisted chemical approach for detection of N-methyladenosine. Nature chemical biology, 2020, 16: 896-903