rstudio安裝

一般來說血崭，新安裝的ubuntu系統(tǒng)都太干凈，缺很多庫文件情竹，下面的代碼先運(yùn)行一波堪藐！

<pre data-tool="mdnice編輯器" style="margin: 10px 0px; padding: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial; border-radius: 5px; box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.55) 0px 2px 10px;">`sudo apt install --fix-missing libcurl4-openssl-dev libxml2-dev libgdal-dev libssl-dev libglu1-mesa-dev libmagick++-dev libudunits2-dev

sudo apt install -y libcurl4-gnutls-dev
sudo apt install -y libxml2-dev
sudo apt install -y openssl
sudo apt install -y libssl-dev` </pre>

安裝最新版R語言

使用root權(quán)限（系統(tǒng)管理員）安裝最新版的R，我們的ubuntu是20浅乔，所以選擇focal這個代號倔喂，然后是cran40，全部的代碼如下：

<pre data-tool="mdnice編輯器" style="margin: 10px 0px; padding: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial; border-radius: 5px; box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.55) 0px 2px 10px;">sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 sudo add-apt-repository 'deb https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu focal-cran40/' sudo apt update sudo apt install r-base </pre>

實(shí)際上還需要使用root權(quán)限（系統(tǒng)管理員）安裝一些R包靖苇。

安裝一些R包

這里我們使用root權(quán)限（系統(tǒng)管理員）：sudo R

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options() $repos options()$ BioC_mirror

https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)` </pre>

一般來說不會報(bào)錯席噩，然后繼續(xù)安裝更多的包：

<pre data-tool="mdnice編輯器" style="margin: 10px 0px; padding: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial; border-radius: 5px; box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.55) 0px 2px 10px;">`BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)

options()$repos
install.packages('WGCNA')
install.packages(c("FactoMineR", "factoextra"))
install.packages(c("ggplot2", "pheatmap","ggpubr"))
library("FactoMineR")
library("factoextra")

library(GSEABase)
library(GSVA)
library(clusterProfiler)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(hgu133plus2.db)
library(limma)
library(org.Hs.eg.db)
library(pheatmap)

BiocManager::install("ChAMP")` </pre>

不得不說，有一些R包真的很難安裝贤壁，搞了一個下午悼枢，比如ChAMP這個甲基化芯片數(shù)據(jù)處理包，如下脾拆；

圖片

我的空白u(yù)buntu系統(tǒng)馒索，全部運(yùn)行完上述代碼后，有327個包：

<pre data-tool="mdnice編輯器" style="margin: 10px 0px; padding: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial; border-radius: 5px; box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.55) 0px 2px 10px;">(base) jmzeng@biotrainee:/usr/local/lib/R/site-library$ du -h -d 1 |tail 404K ./ruv 3.2M ./biovizBase 4.5M ./colorspace 1.8M ./prettydoc 444K ./lazyeval 392K ./statmod 5.2M ./WGCNA 156K ./generics 8.0M ./urltools 2.9G . </pre>

配置網(wǎng)絡(luò)服務(wù)(選修)

同時(shí)需要設(shè)置好 /var/www/html 文件夾權(quán)限名船，就是需要增加一個 www-data 的用戶組绰上，里面包含的用戶都是可以訪問的。

<pre data-tool="mdnice編輯器" style="margin: 10px 0px; padding: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial; border-radius: 5px; box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.55) 0px 2px 10px;">`sudo chgrp -R www-data /var/www
sudo usermod -a -G www-data jmzeng

sudo usermod -a -G www-data ubuntu

sudo chmod -R 2770 /var/www/html` </pre>

同時(shí)渠驼，也需要管理ubuntu的端口蜈块，Nginx安裝后，理論上IP可以在瀏覽器打開訪問迷扇，但是要求網(wǎng)頁端口80的開通的百揭。

ufw是一個主機(jī)端的iptables類防火墻配置工具

<pre data-tool="mdnice編輯器" style="margin: 10px 0px; padding: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial; border-radius: 5px; box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.55) 0px 2px 10px;">sudo ufw enable # 打開防火墻 sudo ufw allow 80 ## 打開端口 sudo ufw status ### 查看防火墻狀態(tài) sudo ufw allow 8787 ## 打開端口 </pre>

服務(wù)器那邊打開端口才可以。

安裝rstudio-server

參考：https://rstudio.com/products/rstudio/download-server/debian-ubuntu/

一定要看清楚ubuntu系統(tǒng)的版本哦谋梭！

<pre data-tool="mdnice編輯器" style="margin: 10px 0px; padding: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial; border-radius: 5px; box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.55) 0px 2px 10px;">sudo apt-get install gdebi-core wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-1.3.1056-amd64.deb sudo gdebi rstudio-server-1.3.1056-amd64.deb </pre>

在這個版本上面信峻，我浪費(fèi)了至少兩個小時(shí)。安裝shiny和rsutdio的服務(wù)器瓮床，官網(wǎng)找到最新版咯

https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
https://www.rstudio.com/products/shiny/shiny-server/

自己尋找地址啦盹舞！

配置shiny權(quán)限（選修）

這個呢，基本上只有你真正需要開發(fā)自己的網(wǎng)頁工具隘庄，才用得上哈踢步！

可能需要經(jīng)常重啟，安裝成功之后查看端口開放情況：netstat -tln

配置用戶組：

<pre data-tool="mdnice編輯器" style="margin: 10px 0px; padding: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial; border-radius: 5px; box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.55) 0px 2px 10px;">sudo groupadd shiny sudo chgrp -R shiny /srv/shiny-server/ sudo usermod -a -G shiny jmzeng </pre>

一些自己開發(fā)的網(wǎng)頁小工具丑掺，可以統(tǒng)一存放在 /srv/shiny-server/ 目錄获印。

<pre data-tool="mdnice編輯器" style="margin: 10px 0px; padding: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial; border-radius: 5px; box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.55) 0px 2px 10px;">`sudo chmod -R 2775 /srv/shiny-server/
cd /srv/shiny-server/
mkdir -p plot123
cd plot123
mkdir lineplot dotplot scatterplot boxplot barplot histplot pieplot density
mkdir violinplot qqplot errorplot
mkdir veen upsetr heatmap circos volcano
mkdir genestructure

cd /srv/shiny-server/
mkdir analysis
cd analysis
mkdir deg det deu enrich gsea gsva wgcna timeseries pca tsne
mkdir kmsurvival cox forest

cd /srv/shiny-server/
mkdir database
cd database
mkdir tcga icgc ccle gtex encode roadmap
mkdir ncbi ucsc ensembl

cd /srv/shiny-server/
mkdir paper
cd paper `</pre>

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者

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