前言
本文為生信技能樹RNA-seq基礎(chǔ)入門系列作業(yè)锻全。首先是計(jì)算機(jī)資源準(zhǔn)備和軟件安裝昌犹。
計(jì)算機(jī)配置
系統(tǒng)為ubuntu on windows 10, sudo lsb_release -a Ubuntu 16.04.3 LTS.
CPU信息：grep "model name" /proc/cpuinfo, 4核心8線程澈吨。
內(nèi)存大星耘小：grep "MemTotal" /proc/meminfo, 16G.
軟件安裝
- Bioconda miniconda下載python3.6版吴汪，bash安裝
bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh - SRA Toolkit 直接在官網(wǎng)下載相應(yīng)二進(jìn)制版本惠窄，添加環(huán)境變量
- FastQC
conda install -c bioconda fastqc=0.11.5 - Samtools
conda install -c bioconda samtools=1.5 - HISAT2
conda install -c bioconda hisat2=2.1.0 - HTSeq 下載的0.8.0，不能用python3運(yùn)行漾橙，用python2.7編譯安裝
cd HTSeq-0.8.0
py27 setup.py build
sudo py27 setup.py install
- R和Rstudio直接用的windows版本杆融。
