maftools是對(duì)WGS和WES數(shù)據(jù)進(jìn)行上游分析之后，進(jìn)行somatic mutation分析的一個(gè)非常好用的包校坑，用非常簡短的幾行代碼即可出圖拣技。
1.安裝
maftools是bioconductor的包，詳細(xì)說明可見https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/maftools.html
source("[http://bioconductor.org/biocLite.R](http://bioconductor.org/biocLite.R)")
biocLite("maftools")
library(maftools)
2.把vcf合并并進(jìn)行處理便于下一步進(jìn)行轉(zhuǎn)換
如果數(shù)據(jù)是直接從TCGA下載maf文件耍目，那么可跳過這一步直接進(jìn)行畫圖膏斤。但通常我們是對(duì)自己拿到的測序結(jié)果進(jìn)行分析，所以格式轉(zhuǎn)換是必不可少的一步邪驮。我在這里使用3個(gè)mm10的vcf文件進(jìn)行轉(zhuǎn)換莫辨。該步驟都是在linux下進(jìn)行操作。
maf文件的內(nèi)容包括：
Mandatory fields: Hugo_Symbol, Chromosome, Start_Position, End_Position, Reference_Allele, Tumor_Seq_Allele2, Variant_Classification, Variant_Type and Tumor_Sample_Barcode.
Recommended optional fields: non MAF specific fields containing VAF (Variant Allele Frequecy) and amino acid change information.
#將所有樣本的.mm10_multianno文件合并成一個(gè)文件并在最后一列添加文件名前綴
#!/bin/sh
for i in *.mm10_multianno
do
cut -f '2-13' $i |sed '1d' | sed "s/$/\t${i%%.*}/" >> all_annovar
done
#提取出含有外顯子的信息
grep -P "\texonic\t" all_annovar > all_annovar2
#加上列名
sed -i '1s/^/Chr\tStart\tEnd\tRef\tAlt\tFunc.refGene\tGene.refGene\tGeneDetail.refGene\tExonicFunc.refGene\tAAChange.refGene\tTumor_Sample_Barcode\n/' all_annovar2
轉(zhuǎn)換后的文件應(yīng)具有：
3.在R語言中正式處理
#將文件轉(zhuǎn)換為maf格式
var.annovar.maf = annovarToMaf(annovar = "all_annovar2", Center = 'NA', refBuild = 'mm10', tsbCol = 'Tumor_Sample_Barcode', table = 'refGene',sep = "\t")
write.table(x=var.annovar.maf,file="var_annovar_maf",quote= F,sep="\t",row.names=F)
var_maf = read.maf(maf ="var_annovar_maf")
#概覽maf文件
plotmafSummary(maf = var_maf, rmOutlier = TRUE, addStat = 'median')
#繪制瀑布圖
oncoplot(maf = var_maf, top = 30, fontSize = 12 ,showTumorSampleBarcodes = F )
因?yàn)槲业臉颖韭陨伲颂幃嫵龅膱D太丑沮榜，就不貼了盘榨。貼一下官網(wǎng)的圖
#繪制箱線圖
laml.titv = titv(maf = var_maf, plot = FALSE, useSyn = TRUE)
plotTiTv(res = laml.titv)
同丑同官網(wǎng)圖
#分析相互關(guān)系圖
somaticInteractions(maf = var_maf, top = 15, pvalue = c(0.05, 0.1))
來張自己的圖
今日結(jié)束！maftools可以做的圖還有很多蟆融，如有需要草巡，可以仔細(xì)閱讀說明書。
