Linux環(huán)境下的軟件安裝
Linux的應用商店(生信領域)：miniconda
下載miniconda到服務器：miniconda清華
- cd~/biosoft: 登錄服務器，進入biosoft目錄
- wget+復制的下載鏈接
選中伏穆，鼠標左鍵點一下復制纷纫，右鍵點一下粘貼 - bash Miniconda-latest-Linux-x86 64.sh:開始安裝
如后續(xù)失敗，從這里重來烟瞧∩烫荆回車跳過版權(quán)信息，看到"Do you accept the license terms?[yes|no]",安裝開始剖笙；看到"Thank you for installing Miniconda3!",安裝成功 - 激活：source~/.bashrc
命令行輸入conda弥咪，出現(xiàn)滿屏信息說明成功
- 添加鏡像：鏡像網(wǎng)站即主網(wǎng)站的副本。conda在國外酷勺，國內(nèi)下載軟件速度很慢扳躬，從鏡像網(wǎng)站下載可加快下載速度
使用conda
- conda list：查看當前服務器安裝的所有軟件列表
- conda install fastqc -y:安裝過程中所有的問題都回答yes
- conda remove fastqc -y: 卸載軟件
- conda info --envs: 查看當前環(huán)境
- conda create -n ABC python=3 fastqc trimmomatic -y: 建立一個名為ABC的環(huán)境
python3是被指定的版本 - conda activate ABC: 激活新環(huán)境
-
conda deactivate: 退出當前環(huán)境
3.png
