conda簡介
conda最初為管理python包而創(chuàng)建贮聂，是一個開源的軟件包、環(huán)境管理系統(tǒng)寨辩，可以用于在同一個機器上安裝不同版本的軟件包及其依賴吓懈，并能夠在不同的環(huán)境之間切換。
miniconda包括conda靡狞、python和一些基礎(chǔ)的軟件包耻警，主要用于生信領(lǐng)域。
anaconda包括miniconda和眾多高質(zhì)量的軟件包甸怕，比如numpy甘穿、pandas等。
服務(wù)器中下載miniconda
下載網(wǎng)址
谷歌搜索“miniconda 清華”梢杭，點擊第一個温兼，下滑到“Miniconda 鏡像使用幫助”，點擊網(wǎng)址鏈接武契，進入miniconda[下載頁面]募判。(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/)荡含。
查看linux操作系統(tǒng)版本和位數(shù)
輸入命令 uname -a。
服務(wù)器為x86_64位届垫。
復(fù)制下載鏈接
點擊Date↓释液，按時間由近到遠排序，
找到最新（latest）版本的miniconda装处，右鍵误债，復(fù)制鏈接地址。
下載miniconda
- 輸入
cd biosoft妄迁，進入biosoft目錄寝蹈。 - 輸入
wget 粘貼剛才復(fù)制的鏈接地址（windows中按鼠標右鍵），回車判族，進入下載躺盛。
sh是腳本（就是一個程序，后臺的代碼）文件的后綴形帮，也就是說其實這是一個下載的腳本槽惫，如果你安裝失敗了，這個腳本是不需要重新下載的辩撑，還是可以用的界斜。
安裝和配置miniconda
安裝miniconda
輸入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，回車合冀，開始安裝過程各薇。中間出現(xiàn)很多版權(quán)信息，按回車繼續(xù)君躺。
輸入
yes繼續(xù)峭判。
顯示“Thank you for installing Miniconda3!”表示安裝成功。輸入
source ~/.bashrc激活conda棕叫。
添加鏡像
所謂鏡像網(wǎng)站林螃，相當于主網(wǎng)站的副本，conda在國外俺泣，我們在國內(nèi)下載軟件速度會很慢疗认，因此配置鏡像，從鏡像網(wǎng)站下載伏钠，可以加快下載速度横漏。
把下面的代碼全部復(fù)制到命令行，粘貼熟掂、回車缎浇。
# 使用中科大的鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes # 從channel中安裝包時顯示channel的url，這樣可以知道包的安裝來源
使用miniconda
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查看當前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表
conda list
安裝軟件
conda install fastqc -y
-y為yes赴肚，表示安裝過程中conda的所有問題都回答yes华畏。（不加-y則需要輸入y繼續(xù)鹏秋。）
默認安裝最新版本尊蚁，但是有的軟件新版本bug比較多亡笑，可能需要用到老版本。如果要指定版本號横朋，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
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確認fastqc軟件是否安裝成功
輸入fastqc --help仑乌，出現(xiàn)幫助文檔表示安裝成功。
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卸載軟件
conda remove fastqc -y
conda分身
生信實戰(zhàn)中琴锭，需要分析轉(zhuǎn)錄組晰甚、基因組組裝、重測序等多個項目决帖。
每一個項目都需要不同的軟件厕九，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的，比如A項目你需要用a軟件V 1.0版本地回，但是處理B項目又需要用到a軟件的V 1.5版本扁远，怎么辦？
--別想了刻像，辦法就是分身３┞颉！按照你的項目细睡，定制不同的分身谷羞，安裝不同的軟件，互不干擾溜徙。這個分身就是不同的“conda environment”湃缎。
查看當前conda的環(huán)境conda info --envs，顯示只有一個conda環(huán)境蠢壹。
下面以處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為例：
- 建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境嗓违，指定python版本是3（這里指定python版本是因為有的軟件是基于python開發(fā)的，而不是要用python)知残，安裝軟件fastqc靠瞎、trimmomatic。
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 再次查看conda環(huán)境
conda info --envs求妹，多了一個rna-seq乏盐，但默認還是base。
- 激活新的conda環(huán)境
conda activate rna-seq，在用戶名bio06前面出現(xiàn)了(rna-seq)腰涧。
再次查看conda環(huán)境盼理，*轉(zhuǎn)移到rna-seq前面。
輸入fastqc何吝，顯示幫助文檔溉委，說明可以使用fastqc了。
- 退出當前環(huán)境
conda deactivate爱榕。
