autoprokka.py這個Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進行注釋，自動按照輸入文件名去命名輸出文件，并且每個樣本單獨一個文件夾存放注釋后結(jié)果桑李，.gff文件會統(tǒng)一復(fù)制一份到輸出文件夾里，方便后續(xù)分析使用，如roary泛基因組分析蜒犯。
腳本可以直接到github腳本源下載解壓组橄，也可以使用git下載：
git clone https://github.com/stevenjdunn/autoprokka.git
下載完成后進入：
cd autoprokka/
下載完成后，需要根據(jù)需要添加prokka的參數(shù)罚随，用notepad++打開autoprokka.py玉工，在第82行內(nèi)加入
原代碼：
subprocess.call(['prokka', fastain, '-o', fastaout, '--prefix', pre])
按需要和其格式輸入需要的參數(shù)，如我自己用的：
subprocess.call(['prokka', fastain, '-o', fastaout, '--prefix', pre, '--addgenes', '--locustag', pre, '--genus', 'Escherichia', '--species', 'coli', '--strain', pre, '--kingdom', 'Bacteria', '--gcode', '11', '--cpus', '72'])
添加完成后淘菩，保存文件遵班，即可以使用。
使用方法：
python autoprokka.py -i 輸入文件夾/ -o 輸出文件夾/
即可潮改，若要提取.gbk文件狭郑，則
python autoprokka.py -i 輸入文件夾/ -o 輸出文件夾/ -gbk
參考
1.autoprokka 源地址：https://github.com/stevenjdunn/autoprokka
2.Seemann T. Prokka: rapid prokaryotic genome annotation
Bioinformatics 2014 Jul 15;30(14):2068-9. PMID:24642063
