廢話系列
來(lái)自于《GO富集結(jié)果整體可視化》
??GO (Gene Ontology )是一個(gè)基因功能的國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)分類體系称近。意在從分子功能 (Molecular Function)、生物過(guò)程 (Biological Process)匀哄、和細(xì)胞組成 (Cellular Component) 三個(gè)層面對(duì)基因和蛋白質(zhì)功能進(jìn)行限定和描述油昂，建立一個(gè)適用于各種物種并能隨著研究不斷深入而更新的語(yǔ)言詞匯標(biāo)準(zhǔn)讯屈。
??GO富集分析已經(jīng)算是很常規(guī)的分析內(nèi)容烛占，可以很方便地將分析得到的基因集歸類到不同的GO條目溯警，從而讓研究者可以輕松地得知這些基因都參與哪些生物過(guò)程盖淡。GO分析的操作這里就不再贅述了年柠，網(wǎng)上有很多相關(guān)的帖子，基本上常規(guī)的物種用clusterProfiler包就可以解決了褪迟。今天我想來(lái)談?wù)勅绾慰梢暬疓O分析的結(jié)果冗恨。對(duì)于GO富集結(jié)果的可視化，最常見的就是用條形圖和氣泡圖來(lái)展示部分關(guān)注的條目味赃。
??上面兩種展現(xiàn)形式最為常見掀抹，可以很好地展示關(guān)注的條目。我們都知道有時(shí)候GO富集的條目會(huì)很多心俗，如果想整體預(yù)覽一下傲武，有沒有什么方法可以展示所有條目都涉及哪些功能呢？答案是肯定的城榛。下面就來(lái)介紹一下simplifyEnrichment包是如何展示GO富集結(jié)果的揪利。這里用該包中數(shù)據(jù)做一個(gè)演示。
代碼
>library(simplifyEnrichment)
>go_id = random_GO(500)
> head(go_id)
[1] "GO:0070233" "GO:0007213" "GO:0061445" "GO:2000597" "GO:0010650"
[6] "GO:0055090"
>mat = GO_similarity(go_id,ont='BP')
>simplifyGO(mat)
結(jié)果如下圖：
??結(jié)果看起來(lái)還是有點(diǎn)高大上的感覺狠持，從圖中可以看出496個(gè)GO條目根據(jù)條目名稱的語(yǔ)意相似性被分成9個(gè)大類疟位，每個(gè)大類右邊有注釋條，標(biāo)明了每個(gè)類中涉及的條目關(guān)鍵字喘垂，有點(diǎn)類似詞云的感覺甜刻。
結(jié)束語(yǔ)
??該包使用起來(lái)很簡(jiǎn)單，雖然不能準(zhǔn)確的展示每個(gè)GO條目正勒，但可以從整體上概覽GO條目都涉及哪些方面得院，對(duì)于后續(xù)篩選還是很有幫助的。該包還有更為細(xì)節(jié)的用法章贞，這里就不再贅述了祥绞，感興趣的可以自己去摸索。按照慣例最后附上官方說(shuō)明鏈接：Simplify Functional Enrichment Results 和 Word Cloud Annotation鸭限。
