1. 學(xué)習(xí)一下生物數(shù)據(jù)庫
出處:https://zhuanlan.zhihu.com/p/303247762
- INSD：國際核酸序列數(shù)據(jù)庫（International Nucleotide Sequence Databank）缤削。由日本的DDBJ逾条、歐洲的EMBL和美國的GenBank三家各自建立和共同維護(hù)。
- EMBL庫：歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的DNA和RNA 序列庫猛蔽。Ensembl數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站開始于一個真核生物基因組注釋項(xiàng)目问芬，其側(cè)重于脊椎動物的基因組數(shù)據(jù)谊娇，但也包含了其他生物检访，如線蟲，酵母筐咧，擬南芥和水稻等鸯旁。隨著時(shí)間推移，越來越多的基因組數(shù)據(jù)已經(jīng)被添加到了Ensembl量蕊，同時(shí)Ensembl可用數(shù)據(jù)的范圍也擴(kuò)展到了比較基因組學(xué)羡亩、變異，以及調(diào)控?cái)?shù)據(jù)
- GenBank ：美國國家生物技術(shù)信息中心 （NCBI）所維護(hù)的供公眾自由讀取的危融、帶注釋的DNA序列的總數(shù)據(jù)庫。
- DDBJ ：日本核酸數(shù)據(jù)庫雷袋。
- GSDB：美國國家基因組資源中心（NCGR）維護(hù)的DNA序列關(guān)系數(shù)據(jù)庫（Genome Sequence DataBase）
Entrez Gene比genebank更加全面和先進(jìn)吉殃。
GenBank：
GenBank是美國國家生物技術(shù)信息中心(National Center for Biotechnology Information ，NCBI)建立的DNA序列數(shù)據(jù)庫楷怒，從公共資源中獲取序列數(shù)據(jù)蛋勺，主要是科研人員直接提供或來源于大規(guī)模基因組測序計(jì)劃( Benson等鸠删， 1998)抱完。GenBank是一個有來自于70,000多種生物的核苷酸序列的數(shù)據(jù)庫，每條紀(jì)錄都有編碼區(qū)（CDS）特征的注釋刃泡，還包括氨基酸的翻譯巧娱，主要是科研人員直接提供或來源于大規(guī)牡镎基因組測序計(jì)劃。為保證數(shù)據(jù)盡可能的完全禁添，GenBank與EMBL撮胧、DDBJ建立了相互交換數(shù)據(jù)的合作關(guān)系。
Entrez：
Entrez 是美國國家生物技術(shù)信息中心所提供的在線資源檢索器老翘。該資源將GenBank序列與其原始文獻(xiàn)出處鏈接在一起芹啥。 Entrez 是由NCBI主持的一個數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)。
它包括核酸铺峭，蛋白以及Medline文摘數(shù)據(jù)庫墓怀，在這三個數(shù)據(jù)庫中建立了非常完善的聯(lián)系。因此卫键，可以從一個DNA序列查詢到蛋白產(chǎn)物以及相關(guān)文獻(xiàn)傀履，而且，每個條目均有一個類鄰（neighboring）信息永罚，給出與查詢條目接近的信息啤呼。
代謝途徑和細(xì)胞調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫
- WIT：是美國阿貢國家實(shí)驗(yàn)室的一個集成的重構(gòu)代謝途徑和模型的系統(tǒng)。
- MPW：代謝途徑數(shù)據(jù)庫呢袱，是EMP庫的一個子集官扣。
- PathDB：代謝途徑數(shù)據(jù)庫。
- KEGG：京都基因與基因組百科全書羞福，它包含核酸分子惕蹄、蛋白質(zhì)序列、基因表達(dá)治专、基因組圖譜卖陵、代謝途徑圖等。
- SMILES：是一個輔助性數(shù)據(jù)庫张峰，它搜集與代謝途徑有關(guān)的化合物名稱泪蔫。
- LIGAND：酶反應(yīng)化學(xué)數(shù)據(jù)庫，由日本京都大學(xué)化學(xué)研究所維護(hù)喘批。
- CSNDB：細(xì)胞中信號網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)庫撩荣。
- Biocatalysis/Biodegradation：生物催化和生物降解數(shù)據(jù)庫。
2.KEGG數(shù)據(jù)庫:
來源:https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079696
