目前,主流的血液DNA提取方法有磁珠法和硅膠膜離心柱法蚊逢,這兩種方法各有利弊。磁珠法可以針對(duì)大批量樣本的處理箫章,滿足自動(dòng)化工作的需要烙荷,但是提取核酸純度低,提取得率低檬寂;硅膠膜離心柱法提取的核酸純度高终抽,提取效率高,對(duì)目標(biāo)基因或DNA含量較低的樣本提取桶至,具有比較明顯的優(yōu)勢(shì)昼伴,但不易自動(dòng)化操作。一般來(lái)說(shuō)镣屹,科研用戶的樣本量不會(huì)太多圃郊,首要的還是提高核酸純度和提取效率,因而科研用戶主要還是選擇離心柱法女蜈。大型醫(yī)療機(jī)構(gòu)樣本量較多持舆,一般都會(huì)選擇自動(dòng)化的磁珠法。但一些樣本量不太多的臨床醫(yī)院或檢測(cè)機(jī)構(gòu)伪窖,出于方便和準(zhǔn)確診斷的要求吏廉,還是會(huì)選擇離心柱法。特別地惰许,對(duì)一些低豐度樣本的檢測(cè)席覆,最好不要用磁珠法,最好選擇離心柱法汹买,否則可能會(huì)導(dǎo)致假陰性結(jié)果佩伤。就離心柱法來(lái)說(shuō)聊倔,目前使用較多的還是商品化試劑盒,面對(duì)眾多的品牌生巡,如何選擇適合自己實(shí)驗(yàn)的提取試劑呢耙蔑?
一、血液核酸提取的得率要高孤荣。全血中提取基因組DNA實(shí)際上就是從有核的白細(xì)胞中提取DNA甸陌,通常利用紅細(xì)胞與白細(xì)胞膜結(jié)構(gòu)的差異,先使紅細(xì)胞裂解盐股,離心后收集白細(xì)胞钱豁;再裂解白細(xì)胞,使膜蛋白和核蛋白變性疯汁,釋放出DNA牲尺,再將DNA提取出來(lái)。血液核酸提取得率的高低幌蚊,對(duì)離心柱法而言谤碳,主要取決于離心柱對(duì)核酸的吸附能力和洗脫能力以及裂解液的裂解消化能力。離心柱的硅膠膜DNA吸附性能好溢豆、裂解液消化能力強(qiáng)蜒简、洗脫液洗脫能力好,血液核酸提取的得率就高漩仙。如果離心柱硅膠膜吸附能力不好搓茬,裂解液和洗脫液沒(méi)有經(jīng)過(guò)很好的優(yōu)化,血液DNA提取的得率就不高讯赏。至于血液DNA提取得率的確定垮兑,我們可以使用紫外分光光度法冷尉,但是不能作為判斷得率的唯一標(biāo)準(zhǔn)漱挎,最好還是要做個(gè)PCR或熒光定量。血液的量與提取的核酸量成正比雀哨,如果要提高血液核酸得率磕谅,可通過(guò)增加血液的量來(lái)實(shí)現(xiàn)。一般先提取200ul的全血雾棺,如結(jié)果不理想可考慮增加血液量膊夹。但如果增加血液量還不能得到滿意結(jié)果,應(yīng)及時(shí)考慮更換試劑盒捌浩。目前國(guó)內(nèi)常用的血液核酸提取試劑有Qiagen放刨、Biog等。根據(jù)我們的經(jīng)驗(yàn)尸饺,Qiagen試劑盒的血液DNA提取得率进统,一般1ml樣本在12-45ug左右助币,平均在30ug。Biog比Qiagen公司的血液DNA提取得率略高螟碎,1ml血液樣本在15-48ug眉菱,平均在32ug,基本上都能滿足下游PCR實(shí)驗(yàn)的要求掉分。
二俭缓、血液核酸提取的純度要高。一般通過(guò)測(cè)定OD260/OD280比值來(lái)估計(jì)核酸純度酥郭。一般DNA 溶液OD260/OD280比值應(yīng)在1.6--1.8之間华坦,如果提取的DNA溶液OD260/OD280比值小于1.6,通常說(shuō)明有蛋白質(zhì)或酚褥民、多糖等的污染季春。如果提取的DNA溶液OD260/OD280>1.9,則表明有RNA污染。不同品牌的試劑盒提取的DNA純度略有差別消返,Biog的血液核酸提取純度比Qiagen略低载弄,可以直接應(yīng)用于PCR、qPCR撵颊、病毒檢測(cè)宇攻、分子雜交等。Qiagen的純度略高倡勇,除了以上應(yīng)用逞刷,還可用于對(duì)純度要求略高的實(shí)驗(yàn),如細(xì)胞轉(zhuǎn)染等妻熊。但是一般來(lái)講夸浅,目前的血液DNA提取主要應(yīng)用于基因檢測(cè)、PCR扔役、qPCR帆喇、分子雜交等,國(guó)產(chǎn)試劑盒Biog都能滿足要求亿胸。
三坯钦、產(chǎn)品價(jià)格。價(jià)格也是選購(gòu)產(chǎn)品的重要考量因素侈玄。對(duì)于絕大多數(shù)實(shí)驗(yàn)如PCR婉刀、qPCR、基因檢測(cè)序仙、分子雜交等突颊,國(guó)產(chǎn)試劑盒都能滿足質(zhì)量要求。與國(guó)外知名品牌相比,國(guó)產(chǎn)試劑盒的價(jià)格較為便宜律秃,如Biog呈昔,價(jià)格還不到國(guó)外品牌價(jià)格的30%,性價(jià)比較高友绝。因而堤尾,對(duì)于以上實(shí)驗(yàn)建議選用Biog等國(guó)產(chǎn)試劑盒。一些經(jīng)費(fèi)不是很多的課題研究或樣本量較大的臨床檢測(cè)項(xiàng)目迁客,特別適合選用國(guó)產(chǎn)試劑盒郭宝。有些研究對(duì)提取DNA的純度要求相對(duì)較高,如細(xì)胞轉(zhuǎn)染等掷漱,可考慮選用Qiagen等國(guó)外知名品牌粘室。
綜合看來(lái),與國(guó)外知名品牌相比卜范,國(guó)產(chǎn)試劑盒在血液DNA提取純度上略有不足衔统,但不影響大多數(shù)實(shí)驗(yàn),特別是下游需要PCR擴(kuò)增的實(shí)驗(yàn)和分子雜交類實(shí)驗(yàn)海雪。在提取得率上锦爵,國(guó)內(nèi)試劑盒與國(guó)外品牌差別不大,而在價(jià)格方面奥裸,國(guó)產(chǎn)試劑盒具有比較明顯的優(yōu)勢(shì)险掀。如果經(jīng)費(fèi)充足,DNA純度要求較高湾宙,可考慮選擇Qiagen等國(guó)外知名品牌樟氢。如果經(jīng)費(fèi)不多或下游做PCR、qPCR侠鳄、分子雜交等實(shí)驗(yàn)埠啃,可考慮選擇性價(jià)比較高的Biog等國(guó)產(chǎn)品牌。