前面給大家介紹了如何使用R語(yǔ)言合并TCGA表達(dá)譜數(shù)據(jù)先较，針對(duì)沒(méi)有太多R編程基礎(chǔ)的小伙伴形入，我們也提供了零代碼合并TCGA表達(dá)譜數(shù)據(jù)的教程溪掀。其實(shí)，合并得到表達(dá)譜矩陣并不是我們的最終目的哑梳，而恰恰是后面所有分析的基礎(chǔ)。
今天我們來(lái)聊聊一個(gè)基礎(chǔ)卻又很重要的分析，差異表達(dá)分析其掂〔绷ィ可以說(shuō)差異表達(dá)分析幾乎是所有后續(xù)分析的第一步扁耐，無(wú)論你是要找biomarker，還是構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)产阱，不論你是要畫(huà)火山圖婉称，還是要畫(huà)熱圖，不論你是要做功能富集分析构蹬，還是做生存分析王暗，不論你是要做cox回歸分析，還是構(gòu)建風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估模型庄敛，可以說(shuō)差異表達(dá)分析都是第一步俗壹。我們還是由漸入深，先來(lái)看看不用寫(xiě)太多代碼的方法藻烤，一個(gè)R的shiny工具绷雏，鼠標(biāo)點(diǎn)一點(diǎn)就可以做差異表達(dá)分析。其實(shí)我在公眾號(hào)前面的文章里面就已經(jīng)介紹過(guò)這個(gè)工具了怖亭，叫做DEApp之众。還不太熟悉的小伙伴，可以參考下面這三篇文章依许，可以說(shuō)從理論到實(shí)踐棺禾，循序漸進(jìn)
1）零代碼差異表達(dá)分析, DESeq,limma,edgeR一網(wǎng)打盡
3）零代碼差異表達(dá)分析——手把手帶你GEO實(shí)戰(zhàn)
下面我們以TCGA合并得到的表達(dá)矩陣為例來(lái)講解如何使用DEApp這個(gè)工具來(lái)做差異表達(dá)分析
- TCGA表達(dá)譜矩陣和樣本類(lèi)型文件準(zhǔn)備，這個(gè)前面已經(jīng)詳細(xì)講解過(guò)了峭跳，可以參考零代碼合并TCGA表達(dá)譜數(shù)據(jù)膘婶，下面我們通過(guò)視頻來(lái)了解一下DEapp這個(gè)工具
- 下面的視頻會(huì)詳細(xì)介紹缺前，數(shù)據(jù)上傳，表達(dá)譜歸一化悬襟，PCA分析衅码，基因過(guò)濾，差異表達(dá)分析脊岳，火山圖（火山圖怎么看逝段，R一行代碼搞定火山圖），結(jié)果下載割捅。統(tǒng)統(tǒng)這些都只需要?jiǎng)觿?dòng)鼠標(biāo)就可以了奶躯。
- DEApp提供三種做差異表達(dá)分析的方法，limma亿驾，edgeR和DEseq2嘹黔。這三種方法都是目前主流的做差異表達(dá)分析的方法，絕對(duì)是業(yè)界公認(rèn)的方法莫瞬。如果你有自己鐘愛(ài)的方法儡蔓，可以直接使用它。當(dāng)然疼邀，我們也可以分別使用這三種方法對(duì)同一套數(shù)據(jù)來(lái)做差異表達(dá)分析喂江，你甚至可以取這三種方法都鑒定到的差異表達(dá)基因作為最終結(jié)果。我們來(lái)看看具體操作旁振，也都是用鼠標(biāo)來(lái)完成获询。
當(dāng)你了解了DEApp這個(gè)工具的原理和流程之后，其實(shí)無(wú)論是對(duì)RNAseq數(shù)據(jù)還是對(duì)miRNA seq數(shù)據(jù)做差異表達(dá)分析规求，整體步驟都是差不多的筐付。大家可以動(dòng)手分析一下自己的數(shù)據(jù)。
DEApp這個(gè)工具雖然有網(wǎng)頁(yè)版（https://yanli.shinyapps.io/DEApp/）阻肿，但是前面我也指出過(guò)網(wǎng)頁(yè)版的一些弊端瓦戚。
這個(gè)網(wǎng)站搞不好那天就不存在了
服務(wù)器搞不好哪天就負(fù)載過(guò)重down掉了
用的人多了，你的任務(wù)還要排隊(duì)丛塌，什么時(shí)候排得上誰(shuí)也說(shuō)不準(zhǔn)
上傳文件有大小限制较解，最大30M。
數(shù)據(jù)安全性誰(shuí)也不能保證
所以我推薦大家還是下載一個(gè)本地版本赴邻，我在DEapp(差異表達(dá)分析)本地版——自由飛翔一文中詳細(xì)介紹過(guò)具體方法印衔，大家可以自己嘗試安裝。對(duì)于沒(méi)有太多R基礎(chǔ)的小伙來(lái)說(shuō)姥敛，安裝和配置DEApp還是有些復(fù)雜的奸焙，大家可以直接?下載視頻中使用的R環(huán)境和DEApp工具?使用。
參考資料：
