前面給大家介紹了?如何使用R代碼來合并TCGA數(shù)據(jù)庫下載得到的RNAseq和miRNA seq的表達譜數(shù)據(jù)?虽填。沒有太多R基礎(chǔ)的小伙伴可能覺得理解起來和操作起來都有些困難朝扼。我就想得到一個表達矩陣默勾,為什么這么難宪祥?既然你只關(guān)心結(jié)果,而不太注重過程荠锭。那么小編就給你做一個“黑盒子”叁熔,你不需要知道里面是什么软族,我給你輸入,你給我輸出就可以了财喳。
這個“黑盒子”就是前面我給大家介紹過的?Shiny-R語言輕松開發(fā)交互式web應(yīng)用?察迟。其實他也并非是一個黑盒子斩狱,你要真想一探究竟,也是可以輕松找到源代碼的扎瓶,其實就跟我們在?如何使用R代碼來合并TCGA數(shù)據(jù)庫下載得到的RNAseq和miRNA seq的表達譜數(shù)據(jù)?使用的R代碼是一樣的所踊,只是這里多了一個GUI(graphic user interface,圖形用戶界面)概荷,鼠標(biāo)點一點就可以輕松得到合并之后的表達矩陣了秕岛。對于實用主義者,那就just do it误证。
界面是這樣的继薛,比較簡潔
使用起來也很傻瓜式,鼠標(biāo)選擇相應(yīng)的參數(shù)愈捅。合并好的表達矩陣就會展現(xiàn)在右邊遏考,點擊下面的download按鈕就可以將結(jié)果保存到本地。是不是很方便蓝谨。
我們可以得到灌具,sample type文件,方便后面做差異表達分析像棘。
當(dāng)然最重要就是表達矩陣文件
為了方便大家理解和使用這個工具稽亏,我特地錄制了一個教學(xué)視頻
?零代碼合并TCGA表達譜數(shù)據(jù)?
工具的下載地址如下???
參考資料