1. 技術(shù)原理
基因組研究的維度可以分為很多種建车，例如下圖所示
其中Hi-C是研究三維結(jié)構(gòu)的一種方法蜀涨。Hi-C技術(shù)源于染色體構(gòu)象捕獲（Chromosome Conformation Capture, 3C）技術(shù)，利用高通量測(cè)序技術(shù)，結(jié)合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內(nèi)整個(gè)染色質(zhì)DNA在空間位置上的關(guān)系，獲得高分辨率的染色質(zhì)三維結(jié)構(gòu)信息弛说。
其中染色質(zhì)構(gòu)象捕獲（3C）技術(shù)是用福爾馬林瞬時(shí)固定細(xì)胞核染色質(zhì)，用過量的限制性內(nèi)切酶酶切消化染色質(zhì) - 蛋白質(zhì)交聯(lián)物翰意，在 DNA 濃度極低而連接酶濃度極高的條件下用連接酶連接消化物木人，蛋白酶消化交聯(lián)物以釋放出結(jié)合的蛋白質(zhì)，用推測(cè)可能有互作的目的片段引物進(jìn)行普通PCR和定量PCR來確定是否存在相互作用。3C 技術(shù)假定物理上互作的 DNA 片段連接頻率最高，以基因座特異性 PCR 來檢測(cè)基因組中 DNA 片段之間的物理接觸横缔，最終以 PCR 產(chǎn)物的豐度來確定是否存在相互作用。
Hi-C技術(shù)在3C的基礎(chǔ)上淘讥，在酶切后將缺口進(jìn)行補(bǔ)平（dCTP 進(jìn)行生物素標(biāo)），然后用連接酶進(jìn)行連接堤如，將樣本進(jìn)行超聲破碎蒲列，隨后用生物素親和層析將片段沉淀（也就是抓下來帶有生物素標(biāo)記的片段），加上接頭進(jìn)行深度測(cè)序搀罢。
2. 技術(shù)流程
下圖顯示其技術(shù)流程
第一步還是用甲醛使細(xì)胞內(nèi)空間上靠近的DNA片段形成共價(jià)鍵蝗岖；然后用限制性內(nèi)切酶將染色質(zhì)片段化；第三步用生物趵浦粒化的核酸分子鏈接酶切形成的粘性末端抵赢，鏈接過程需要在稀釋的溶液中進(jìn)行，有助于形成分子內(nèi)鏈接；第四步純化并片段化DNA铅鲤，用鏈霉親和素的磁珠富集含生物趸幔化的junction片段；最后邢享，對(duì)收集到的junction片段進(jìn)行建庫并使用pair-end方法測(cè)序鹏往。
3. 分析步驟
Hi-C的優(yōu)勢(shì)在于其結(jié)合了二代測(cè)序，這勢(shì)必也使得其數(shù)據(jù)分析相對(duì)復(fù)雜了骇塘。目前比較成熟的數(shù)據(jù)分析流程大致包含6個(gè)步驟：
（1） 前期raw reads過濾（跟一般二代測(cè)序數(shù)據(jù)處理基本一致）
（2） 序列比對(duì)伊履。建議采用pair-end測(cè)序模式
（3） 定位酶切位點(diǎn)。比對(duì)尋找到reads pairs在基因組物理位置之后款违，通過插入片段大小的限制搜索reads pairs兩端每條read所對(duì)應(yīng)的最近的酶切片段唐瀑。酶切片段的位置代表了DNA交互產(chǎn)生的大致位置
（4） 篩選出有效的比對(duì)片段。配對(duì)的reads位于酶切位點(diǎn)兩端且mapped的方向相反
（5） 整合DNA 片段交互強(qiáng)度奠货。
（6） DNA片段交互矩陣標(biāo)準(zhǔn)化介褥。
分析流程可如下圖所示：
