基本概念合集

轉(zhuǎn)錄組篩選差異表達基因時的Log2FCFDR值:http://www.360doc.com/content/19/0810/23/65193030_854141023.shtml

log2FC中的FC即 fold change盆昙,表示兩樣品(組)間表達量的比值泻云,對其取以2為底的對數(shù)之后即為log2FC衫冻。一般國內(nèi)公司默認取log2FC絕對值大于1為差異基因的篩選標準侈离;

FDR即False Discovery Rate吴叶,錯誤發(fā)現(xiàn)率先誉,是通過對差異顯著性p值(p-value)進行校正得到的口予。由于轉(zhuǎn)錄組測序的差異表達分析是對大量的基因表達值進行獨立的統(tǒng)計假設(shè)檢驗胰坟,會存在假陽性問題留拾,因此在進行差異表達分析過程中戳晌,采用了公認的Benjamini-Hochberg校正方法對原有假設(shè)檢驗得到的顯著性p值(p-value)進行校正,并最終采用FDR作為差異表達基因篩選的關(guān)鍵指標痴柔。一般國內(nèi)公司取FDR<0.01作為默認標準沦偎。

這兩個指標的選取一般是按照經(jīng)驗值去篩選的,并非完全不可以調(diào)整咳蔚。在實驗差異基因數(shù)目過低或者過高豪嚎,可以對指標進行微調(diào)。

實際上經(jīng)程富穑看到的差異表達火山圖(如下圖)里的幾條虛線就是這兩個指標的體現(xiàn)

文件管理主要函數(shù):

setwd( ):設(shè)定R軟件當(dāng)前工作目錄侈询。

getwd( ):查看R軟件當(dāng)前工作目錄。

list.files( ): 查看當(dāng)前目錄下文件糯耍。

file.show( ): 顯示文件扔字。

file.access( ): 查看文件是否可讀可寫囊嘉。

file.create( ): 創(chuàng)建一個文件。例如:file.create(“D:/lesong.xls”).

dir.create( ): 創(chuàng)建一個目錄革为。例如:dir.create(D:/lesong).

file.remove( ):刪除一個文件哗伯。

File.choose( ):選擇一個文件。

最后編輯于
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末篷角,一起剝皮案震驚了整個濱河市焊刹,隨后出現(xiàn)的幾起案子,更是在濱河造成了極大的恐慌恳蹲,老刑警劉巖虐块,帶你破解...
    沈念sama閱讀 216,496評論 6 501
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件,死亡現(xiàn)場離奇詭異嘉蕾,居然都是意外死亡贺奠,警方通過查閱死者的電腦和手機,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 92,407評論 3 392
  • 文/潘曉璐 我一進店門错忱,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來儡率,“玉大人,你說我怎么就攤上這事以清《眨” “怎么了?”我有些...
    開封第一講書人閱讀 162,632評論 0 353
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵掷倔,是天一觀的道長眉孩。 經(jīng)常有香客問我,道長勒葱,這世上最難降的妖魔是什么浪汪? 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 58,180評論 1 292
  • 正文 為了忘掉前任,我火速辦了婚禮凛虽,結(jié)果婚禮上死遭,老公的妹妹穿的比我還像新娘。我一直安慰自己凯旋,他們只是感情好呀潭,可當(dāng)我...
    茶點故事閱讀 67,198評論 6 388
  • 文/花漫 我一把揭開白布。 她就那樣靜靜地躺著瓦阐,像睡著了一般蜗侈。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪篷牌。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上睡蟋,一...
    開封第一講書人閱讀 51,165評論 1 299
  • 那天,我揣著相機與錄音枷颊,去河邊找鬼戳杀。 笑死该面,一個胖子當(dāng)著我的面吹牛,可吹牛的內(nèi)容都是我干的信卡。 我是一名探鬼主播隔缀,決...
    沈念sama閱讀 40,052評論 3 418
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼,長吁一口氣:“原來是場噩夢啊……” “哼傍菇!你這毒婦竟也來了猾瘸?” 一聲冷哼從身側(cè)響起,我...
    開封第一講書人閱讀 38,910評論 0 274
  • 序言:老撾萬榮一對情侶失蹤丢习,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎牵触,沒想到半個月后,有當(dāng)?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體咐低,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 45,324評論 1 310
  • 正文 獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡揽思,尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點故事閱讀 37,542評論 2 332
  • 正文 我和宋清朗相戀三年,在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了见擦。 大學(xué)時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片钉汗。...
    茶點故事閱讀 39,711評論 1 348
  • 序言:一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡,死狀恐怖鲤屡,靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出损痰,到底是詐尸還是另有隱情,我是刑警寧澤酒来,帶...
    沈念sama閱讀 35,424評論 5 343
  • 正文 年R本政府宣布徐钠,位于F島的核電站,受9級特大地震影響役首,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏尝丐。R本人自食惡果不足惜,卻給世界環(huán)境...
    茶點故事閱讀 41,017評論 3 326
  • 文/蒙蒙 一衡奥、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望爹袁。 院中可真熱鬧,春花似錦矮固、人聲如沸失息。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 31,668評論 0 22
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽盹兢。三九已至,卻和暖如春守伸,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間绎秒,已是汗流浹背。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 32,823評論 1 269
  • 我被黑心中介騙來泰國打工尼摹, 沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留见芹,地道東北人剂娄。 一個月前我還...
    沈念sama閱讀 47,722評論 2 368
  • 正文 我出身青樓,卻偏偏與公主長得像玄呛,于是被迫代替她去往敵國和親阅懦。 傳聞我的和親對象是個殘疾皇子,可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點故事閱讀 44,611評論 2 353

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容