轉(zhuǎn)錄組篩選差異表達基因時的Log2FC和FDR值:http://www.360doc.com/content/19/0810/23/65193030_854141023.shtml
log2FC中的FC即 fold change盆昙,表示兩樣品(組)間表達量的比值泻云,對其取以2為底的對數(shù)之后即為log2FC衫冻。一般國內(nèi)公司默認取log2FC絕對值大于1為差異基因的篩選標準侈离;
FDR即False Discovery Rate吴叶,錯誤發(fā)現(xiàn)率先誉,是通過對差異顯著性p值(p-value)進行校正得到的口予。由于轉(zhuǎn)錄組測序的差異表達分析是對大量的基因表達值進行獨立的統(tǒng)計假設(shè)檢驗胰坟,會存在假陽性問題留拾,因此在進行差異表達分析過程中戳晌,采用了公認的Benjamini-Hochberg校正方法對原有假設(shè)檢驗得到的顯著性p值(p-value)進行校正,并最終采用FDR作為差異表達基因篩選的關(guān)鍵指標痴柔。一般國內(nèi)公司取FDR<0.01作為默認標準沦偎。
這兩個指標的選取一般是按照經(jīng)驗值去篩選的,并非完全不可以調(diào)整咳蔚。在實驗差異基因數(shù)目過低或者過高豪嚎,可以對指標進行微調(diào)。
實際上經(jīng)程富穑看到的差異表達火山圖(如下圖)里的幾條虛線就是這兩個指標的體現(xiàn)
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