叢枝菌根真菌（arbuscular mycorrhizal fungi，AMF）屬于球囊霉門（Glomeromycota）础嫡，在生態(tài)和農(nóng)業(yè)中有著重要作用指么，但其物種豐度、多樣性和生態(tài)學(xué)方面的研究十分有限榴鼎。目前伯诬，用于AMF群落研究的分子技術(shù)尚有一些不足。在眾多的AMF群落研究中巫财，使用的擴(kuò)增片段（DNA markers）和引物差別較大盗似，這遠(yuǎn)遠(yuǎn)不能表征環(huán)境中真實(shí)的AMF類群。AMF群落研究中使用最廣泛的擴(kuò)增片段是rDNA平项，主要是由小亞基（SSU或18S）rRNA基因赫舒、包含5.8S基因的轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)（ITS）悍及、大亞基（LSU或28S）rRNA基因、5S基因以及兩個基因間的間隔組成接癌。各個區(qū)段（18S心赶、ITS和28S）的擴(kuò)增片段均有研究，但是各有其優(yōu)缺點(diǎn)缺猛。SSU rRNA基因是AMF群落研究中使用的最主要擴(kuò)增片段缨叫，但其分辨率不夠高，容易忽略一些AMF類群荔燎。
在眾多測序技術(shù)中耻姥，一代測序技術(shù)（Sanger）可得到全長的核糖體基因序列，但其成本高有咨、通量低琐簇；二代測序技術(shù)（Illumina）成本低、通量高摔吏、但讀長短鸽嫂，只可對少數(shù)幾個可變區(qū)進(jìn)行擴(kuò)增纵装；而三代測序技術(shù)（PacBio）可進(jìn)行全長擴(kuò)增子測序征讲，集合了Sanger測序的讀長優(yōu)勢和二代測序的高通量優(yōu)勢，提高了物種分類的準(zhǔn)確性和分辨率橡娄。
2021年3月29日诗箍，捷克Zuzana Kola?íková和Petr Kohout團(tuán)隊在New Phytologist發(fā)表了題為PacBio sequencing of Glomeromycota rDNA: a novel amplicon covering all widely used ribosomal barcoding regions and its applicability in taxonomy and ecology of arbuscular mycorrhizal fungi的方法性論文。在該研究中挽唉，作者使用巢式PCR擴(kuò)增AMF特異性的2.5 kb的rDNA片段滤祖，該片段包含大部分SSU rRNA基因（V4和V5可變區(qū)）、完整的ITS片段（ITS1-5.8S-ITS2）以及部分LSU rRNA基因（D1和D2可變區(qū)）瓶籽。之后匠童，在PacBio平臺上使用Single Molecule Real Time（SMRT）測序?qū)ζ溥M(jìn)行測序。結(jié)果發(fā)現(xiàn)塑顺，該方法具有高的生物分類學(xué)分辨率汤求，在檢測各種AMF類群和描述復(fù)雜的AMF群落中均適用，也有效地克服了因一些不可培養(yǎng)的AMF帶來的認(rèn)知不足严拒。
編輯∣馮曾威
審核∣姚青
廣東省科學(xué)院微生物研究所菌種組-華南農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院土壤微生物組聯(lián)合團(tuán)隊
