做過轉(zhuǎn)錄組的同學(xué)肯定對(duì)KEGG代謝通路圖不陌生羽氮，今天就跟大家分享怎么看懂KEGG代謝通路圖或链，ko、map等開頭的代謝圖有啥區(qū)別档押？里面的點(diǎn)澳盐、線、不同顏色都代表什么含義令宿。
KEGG Pathway分類
一般叼耙，KEGG中存在三大類代謝圖，每個(gè)數(shù)據(jù)路的pathway都有相應(yīng)的唯一編號(hào)粒没，如map00010筛婉，據(jù)此可在kegg數(shù)據(jù)庫(kù)官網(wǎng)查詢：
第一類、reference pathway：根據(jù)已有的知識(shí)繪制的癞松、概括的爽撒、詳盡的具有一般參考意義的代謝圖。通路圖中的小框都是白色响蓉，方便個(gè)性化填充顏色硕勿，在KEGG中名字以map開頭，節(jié)點(diǎn)代表某一基因枫甲、該基因編碼的酶及這個(gè)酶參與的反應(yīng)源武，比如map00010扼褪；
http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map00010
第二類、species-specific pathway：物種特有代謝通路圖粱栖。綠色小框?yàn)樵撐锓N特有的基因或酶话浇，只有這些綠色的框有更詳細(xì)的信息。KEGG中名字為特定物種種屬英文縮寫查排，比如人的糖酵解通路圖凳枝，hsa00010。
http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa00010
第三類跋核、以ko/ec/rn開頭的Reference pathway：ko通路中的節(jié)點(diǎn)只代表基因岖瑰；ec通路中的節(jié)點(diǎn)只代表相關(guān)的酶；rn通路中的節(jié)點(diǎn)只表示該點(diǎn)參與的某個(gè)反應(yīng)砂代、反應(yīng)物及反應(yīng)類型蹋订。底色以藍(lán)色表示。
例如同樣是糖酵解代謝通路有三種類型：
http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ko00010
http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ec00010
http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?rn00010
圖中的符號(hào)的解釋：
代謝通路圖中刻伊，一般就是酶露戒，方框里面的數(shù)字代表EC編號(hào)；小圓圈代表代謝物捶箱，點(diǎn)開會(huì)出現(xiàn)C00668的信息智什，C代表compound，00668是這種化合物在KEGG中的編號(hào)丁屎。
具體官方解釋如下（附鏈接）：http://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.html
翻譯結(jié)果（來自網(wǎng)絡(luò)僅供參考）：
KEGG圖的知識(shí)說到這里就暫告一段落了荠锭。
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