本文的絕大部分都為解決問題的思路,如果只想知道如何安裝特定版本號(每次提交的唯一標(biāo)識)棘伴,可以直接翻到文末寞埠。
事情的起因是一位讀者在使用RNAseqStat時遇到了bug,對象“deg_data_g”找不到排嫌。
結(jié)合results文件和報錯畸裳,我們可以推測出是火山圖繪制時出現(xiàn)了問題。
起初我以為是讀者的數(shù)據(jù)格式有問題淳地,于是我用GSE179367數(shù)據(jù)集嘗試運行怖糊,可以正常跑通。但查看他的代碼颇象,發(fā)現(xiàn)用的居然是示例數(shù)據(jù)伍伤。
結(jié)合該讀者是最近才裝的RNAseqStat,這就很有可能是永和在對包進(jìn)行調(diào)整的時候出了問題遣钳,我們前往永和RNAseqStat[1]的界面扰魂,進(jìn)入R,找到代碼更新歷史蕴茴,發(fā)現(xiàn)在一個多月前劝评,該部分代碼(enhance_volcano.R)有一定更新。
因為RNAseqStat沒有發(fā)布不同的release倦淀,我以為只能等永和更新了蒋畜,但永和提到了一種安裝以前版本R包的方法。
由于github上每一次包的更新都會有所記錄撞叽,我們便可以通過每次提交的唯一標(biāo)識下載以前更新的包姻成。
我們可以通過以下命令查看我安裝的是哪一版的RNAseqStat。
>?devtools::package_info("RNAseqStat",dependencies?=?F)
?package????*?version?date?(UTC)?lib?source
?RNAseqStat???0.1.0???2021-12-25?[1]?Github?(xiayh17/RNAseqStat@c374ed0)
?[1]?D:/Documents/R/win-library/4.1
?[2]?D:/Program?Files/R/R-4.1.2/library
可以發(fā)現(xiàn)是c374ed0愿棋;接下來安裝該版本科展。
devtools::install_github("xiayh17/RNAseqStat@c374ed0")
貼心的永和還添加了Verified標(biāo)識,只要是帶有該標(biāo)識的版本糠雨,應(yīng)該是不會存在問題的~
另外才睹,該bug已于昨天連夜被永和修復(fù),大家可以放心安裝新版本甘邀。