一、軟件安裝
按照圖中的操作垄琐，解壓安裝即可。注意要將patch中的文件復(fù)制到Beacon Designer的安裝路徑下才可以经柴，否則這款軟件是付費(fèi)的狸窘。
【這里上傳圖片失敗，具體可以去公眾號查看】
[圖片上傳中...(image-d09452-1677322874544-7)]
二坯认、qRT-PCR 引物設(shè)計(jì)****
2.1 qRT-PCR 引物設(shè)計(jì)原則
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2.2 qRT-PCR 引物設(shè)計(jì)方法
如圖所示翻擒，我們一般進(jìn)行定量的方法都是SYBR Green ，里面也可以選擇TagMan進(jìn)行引物設(shè)計(jì)牛哺。
這里介紹的是Beacon Designer 軟件設(shè)計(jì)引物的方法陋气。
根據(jù)引物設(shè)計(jì)原則可以更高GC含量，引物長度引润，Tm值巩趁，產(chǎn)物長度等等。
[圖片上傳中...(image-58227e-1677322874544-5)]
下面再介紹一種使用primer3Plus 設(shè)計(jì)引物淳附，Primer Blast 進(jìn)行引物特異性驗(yàn)證的方法议慰。
首先打開Primer3Plus - Pick Primers蠢古，如圖操作【文末獲取軟件】。
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然后打開Primer designing tool (nih.gov)别凹，如圖草讶。
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這一步需要注意的就是，在設(shè)置參考基因組的時(shí)侯炉菲，要選擇使用序列的參考基因組物種堕战，比如我用的是水稻的 oryza sativa 。
另一個(gè)需要注意的點(diǎn)是拍霜，我設(shè)計(jì)的是lncRNA 因此我就要選擇Refseq reoresentative genome嘱丢，這個(gè)是以參考基因的序列為庫進(jìn)行blast驗(yàn)證的。
如果你設(shè)計(jì)普通的mRNA, 這里就選擇Refseq mRNA 默認(rèn)選項(xiàng)即可沉御。
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接下來我們看一下引物特異性的驗(yàn)證結(jié)果屿讽。
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如圖所示，我們設(shè)計(jì)的引物可以產(chǎn)生5種產(chǎn)物吠裆，第一種是我們的目的產(chǎn)物長度為102 bp伐谈，其余四種在1000-3000 bp 范圍，這四種產(chǎn)物基本擴(kuò)增不出來试疙，并且這里的點(diǎn)“ . ”代表引物與模板完全匹配诵棵，而下面的倆個(gè)紅框中的C G A T 就代表這個(gè)序列是不匹配的；而且在引物3’端有序列不匹配祝旷，會導(dǎo)致擴(kuò)增的時(shí)侯翹起來履澳，基本擴(kuò)增不出來，因此這一次引物特異性很好怀跛，可以直接使用距贷。
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軟件獲取：
后臺回復(fù)：Beacon Designer
獲取軟件安裝包吻谋。
