- scalefactors_json.json 文件:
這個(gè)文件記錄了用戶提供的原始圖像瞎访、空間輸出中的圖像和Visium陣列之間的相對(duì)比例腻贰。記錄了用戶上傳的圖像、空間輸出圖像和Visium陣列之間的相對(duì)比例尺度扒秸。這個(gè)文件包含以下字段：
-
regist_target_img_scalef: 這是一個(gè)縮放因子播演，用于將原始、全分辨率顯微鏡圖像中的像素位置轉(zhuǎn)換為圖像配準(zhǔn)中使用的降采樣版本的像素位置伴奥。 -
tissue_hires_scalef: 這是一個(gè)縮放因子写烤，用于將原始、全分辨率圖像中的像素位置轉(zhuǎn)換為tissue_hires_image.png中的像素位置拾徙。 -
tissue_lowres_scalef: 這是一個(gè)縮放因子洲炊，用于將原始、全分辨率圖像中的像素位置轉(zhuǎn)換為tissue_lowres_image.png中的像素位置尼啡。 -
fiducial_diameter_fullres: 這是原始暂衡、全分辨率圖像中一個(gè)基準(zhǔn)點(diǎn)（fiducial spot）直徑所跨越的像素?cái)?shù)。 -
spot_diameter_fullres: 這是原始崖瞭、全分辨率圖像中一個(gè)點(diǎn)（spot）直徑所跨越的像素?cái)?shù)狂巢。此字段用于可視化目的，并且可以根據(jù)不同幻燈片設(shè)計(jì)的變化而變化书聚，范圍從60-70微米唧领。點(diǎn)直徑和點(diǎn)位置是估計(jì)值藻雌。最好使用校準(zhǔn)過的顯微鏡的已知像素尺寸，而不是試圖從點(diǎn)直徑推斷像素尺寸斩个。
這些字段的目的是幫助用戶在不同分辨率的圖像之間進(jìn)行精確的轉(zhuǎn)換和對(duì)齊胯杭，確保圖像分析的準(zhǔn)確性。例如受啥，如果一個(gè)圖像被降采樣或放大歉摧，這些縮放因子允許用戶將圖像中的點(diǎn)或特征從一個(gè)尺度映射到另一個(gè)尺度∏晃兀基準(zhǔn)點(diǎn)和點(diǎn)的直徑信息對(duì)于圖像的校準(zhǔn)和特征的可視化非常重要叁温。
例子
- 文件內(nèi)容:
{
"tissue_hires_scalef": 0.17011142,
"tissue_lowres_scalef": 0.051033426,
"fiducial_diameter_fullres": 144.4773339857,
"spot_diameter_fullres": 89.43834961021503
}
- 比例因子計(jì)算:
這些值是基于一個(gè)成年小鼠大腦數(shù)據(jù)集得出的,原始圖像尺寸為11291 x 11757像素。比例因子的計(jì)算公式為:
比例因子 = 目標(biāo)尺寸 / max(原始圖像寬度, 原始圖像高度)
tissue_hires_scalef的計(jì)算:
高分辨率組織圖像(tissue_hires_image.png)的最大尺寸為2000像素核畴。
tissue_hires_scalef = 2000 / 11757 ≈ 0.17tissue_lowres_scalef的計(jì)算:
低分辨率組織圖像(tissue_lowres_image.png)的最大尺寸為600像素膝但。
tissue_lowres_scalef = 600 / 11757 ≈ 0.05spot_diameter_fullres和fiducial_diameter_fullres:
這兩個(gè)值是在原始圖像中spot直徑和定位點(diǎn)直徑的估計(jì)像素?cái)?shù)。它們基于配準(zhǔn)解決方案以及已知的spot和定位框架大小進(jìn)行估計(jì),而不是使用圖像像素尺寸的先驗(yàn)知識(shí)谤草。像素尺寸估計(jì):
使用spot直徑估算像素尺寸: 微米/像素 = 65 / 89.44 ≈ 0.73Visium HD的特殊情況:
對(duì)于Visium HD, spot_diameter_fullres指的是Visium HD方塊的邊長(zhǎng)(2 μm)跟束。
這些比例因子和直徑值對(duì)于將原始高分辨率圖像中的坐標(biāo)轉(zhuǎn)換為處理后的低分辨率圖像中的坐標(biāo)非常重要,在空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的處理和可視化中起著關(guān)鍵作用。
- tissue_positions.csv 文件:
這個(gè)文件包含了與每個(gè)spot相關(guān)的信息,主要列包括:
- barcode: 與spot相關(guān)的條形碼序列丑孩。
- in_tissue: 二進(jìn)制值,表示spot是否在組織內(nèi)(1)或組織外(0)冀宴。
- array_row 和 array_col: spot在陣列中的行列坐標(biāo)。
- pxl_row_in_fullres 和 pxl_col_in_fullres: spot中心在全分辨率圖像中的像素坐標(biāo)温学。
- spatial_enrichment.csv 文件:
這個(gè)文件包含了每個(gè)特征(基因或蛋白質(zhì))的Moran's I值,用于評(píng)估空間富集程度略贮。文件包括:
- Feature ID: 特征的唯一標(biāo)識(shí)符。
- Feature Name: 特征名稱仗岖。
- Feature Type: 特征類型(基因表達(dá)或抗體捕獲)逃延。
- I: Moran's I值,范圍從-1(完全分散)到1(完全富集)。
- P value 和 Adjusted p value: 統(tǒng)計(jì)顯著性轧拄。
- 其他列: 包括特征計(jì)數(shù)揽祥、中位數(shù)歸一化平均計(jì)數(shù)等。
這些文件共同提供了空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的重要信息,包括圖像處理檩电、spot定位和基因空間分布等方面的數(shù)據(jù)
