小編今天給大家介紹一款在線繪制基因結(jié)構(gòu)的工具Gene Structure Dispaly Server淌哟，簡(jiǎn)單好用功能還挺強(qiáng)大土涝。運(yùn)用它能夠繪制清晰的基因結(jié)構(gòu)，清晰明了地展示外顯子袜刷、內(nèi)含子及UTR的位置议经。還可以聯(lián)合其他數(shù)據(jù)繪制進(jìn)化樹-基因結(jié)構(gòu)圖，展現(xiàn)基因結(jié)構(gòu)與系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系埋市。

打開這個(gè)工具冠桃，它的界面如下：

1.數(shù)據(jù)輸入類型

繪圖的輸入文件有四種類型的數(shù)據(jù)可選：

BED?:大家可以在基因組GFF文件篩選基因的這些信息，第一列是基因ID道宅，第二列是起始位置食听，第三列是終止位置，第四列是基因在這個(gè)位置是外顯子還是UTR污茵，第四列是注釋信息樱报，第四列可以不要

GenBank Accession Number or GI：可以從GenBank獲得，要注意的是你輸入的Accession Number or GI必須包含有mRNA序列

GTF/GFF3：基因注釋文件（包含基因的結(jié)構(gòu)信息泞当，具體信息可以自行百度迹蛤，有詳細(xì)解釋），可以在數(shù)據(jù)庫中下載基因組的GFF文件襟士，篩選出你的基因注釋信息

Sequence (FASTA)：第一個(gè)框里存放基因的CDS序列盗飒，第二個(gè)框里存放基因的完整序列，可以在NCBI數(shù)據(jù)庫下載陋桂，或者在基因組數(shù)據(jù)中搜索需要ID的序列

小編這里推薦BED格式數(shù)據(jù)逆趣，數(shù)據(jù)格式簡(jiǎn)單，可以在基因組GFF文件篩選基因的這些信息 嗜历，可以看我們以前文章（如何下下載一個(gè)基因組）下載基因組GFF文件

2.繪圖及圖片的修改和保存

選中一個(gè)數(shù)據(jù)類型宣渗，點(diǎn)擊Example，就會(huì)顯示一個(gè)該類型數(shù)據(jù)的例子秸脱，可以將自己的數(shù)據(jù)直接復(fù)制粘貼到下圖框里落包，或者直接選擇存放數(shù)據(jù)的文件導(dǎo)入數(shù)據(jù)。

數(shù)據(jù)輸入后點(diǎn)擊右下角的Submit就會(huì)跳轉(zhuǎn)到結(jié)果頁面摊唇。如果想保存這張圖片咐蝇，右下角有三種圖片保存類型。選中你想要保存的圖片格式巷查，例如你想保存圖片為PNG格式有序，單擊PNG就會(huì)彈出一個(gè)圖片界面。

下圖為彈出的圖片頁面岛请，右鍵網(wǎng)頁另存為就會(huì)彈出一個(gè)框旭寿，輸入圖片名字點(diǎn)擊保存就可以了。

如果你覺得網(wǎng)站的顏色不好看崇败，你可以改變這些位點(diǎn)的顏色盅称，例如想修改代表 CDS的形狀的顏色肩祥，點(diǎn)擊左下方Color后面的黃色的框，就會(huì)彈出一個(gè)選顏色的界面缩膝，在Solid Color界面選取顏色混狠，點(diǎn)擊OK就會(huì)又回到結(jié)果的界面，再點(diǎn)擊圖片左下方的Redraw,所有代表CDS的形狀就會(huì)變成你選擇的顏色疾层。

下圖為修改顏色后的圖片：

3.添加其他信息繪圖

基礎(chǔ)功能就講完了将饺，說好的功能強(qiáng)大呢！不要慌痛黎，下面給大家介紹兩個(gè)延伸功能予弧。第一是能將進(jìn)化樹跟基因結(jié)構(gòu)結(jié)合在一起，第二除了進(jìn)化樹和基因結(jié)構(gòu)還能添加基因的其他結(jié)構(gòu)信息例如motif或者是domain湖饱。

首先我們將進(jìn)化樹跟基因結(jié)構(gòu)結(jié)合在一起掖蛤，先導(dǎo)入基因結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)文件，點(diǎn)擊下圖綠色數(shù)據(jù)框所在的位置琉历，就會(huì)延伸出一個(gè)輸入數(shù)據(jù)界面坠七，輸入構(gòu)建進(jìn)化樹時(shí)生成的nwk文件（注意：進(jìn)化樹文件中的ID必須要與基因結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)里的ID一致），點(diǎn)擊Submit就能生成圖片旗笔，圖片的保存與修改參照上面方法彪置。

如果你還想在圖片里顯示基因的其他信息例如motif或者是domain，點(diǎn)開Other Features蝇恶，輸入數(shù)據(jù)拳魁，第一列是ID,第二三列分別是這個(gè)位點(diǎn)的起始、結(jié)束撮弧，第三列是這個(gè)位點(diǎn)的名稱潘懊，例如motif1或者domain的名稱，點(diǎn)擊Submit繪圖贿衍。

大功告成授舟，又是一張好看實(shí)用的圖片。

如果您有什么心得建議贸辈，歡迎來評(píng)論區(qū)留言討論释树！

另附工具地址：http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php，點(diǎn)開就能使用擎淤，再也不用擔(dān)心畫圖了奢啥！

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