生信技能樹作業(yè)和習(xí)題&R語(yǔ)言初級(jí)練習(xí)題

1铣鹏、打開 Rstudio 告訴我它的工作目錄档礁。

getwd()
新建6個(gè)向量,基于不同的原子類型吝沫。(重點(diǎn)是字符串呻澜,數(shù)值,邏輯值)

QQ截圖20190419100812.png

告訴我在你打開的rstudio里面 getwd() 代碼運(yùn)行后返回的是什么惨险?

新建一些數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)羹幸,比如矩陣,數(shù)組辫愉,數(shù)據(jù)框栅受,列表等重點(diǎn)是數(shù)據(jù)框,矩陣)

在你新建的數(shù)據(jù)框進(jìn)行切片操作恭朗,比如首先取第1屏镊,3行, 然后取第4痰腮,6列

使用data函數(shù)來加載R內(nèi)置數(shù)據(jù)集 rivers 描述它而芥。并且可以查看更多的R語(yǔ)言內(nèi)置的數(shù)據(jù)集:https://mp.weixin.qq.com/s/dZPbCXccTzuj0KkOL7R31g

下載 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP133642 里面的 RunInfo Table 文件讀入到R里面,了解這個(gè)數(shù)據(jù)框膀值,多少列棍丐,每一列都是什么屬性的元素误辑。(參考B站生信小技巧獲取runinfo table) 這是一個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目的數(shù)據(jù),共768個(gè)細(xì)胞歌逢,如果你找不到RunInfo Table 文件巾钉,可以點(diǎn)擊下載,然后讀入你的R里面也可以秘案。

下載 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111229 里面的樣本信息sample.csv讀入到R里面砰苍,了解這個(gè)數(shù)據(jù)框,多少列阱高,每一列都是什么屬性的元素赚导。(參考 https://mp.weixin.qq.com/s/fbHMNXOdwiQX5BAlci8brA 獲取樣本信息sample.csv)如果你實(shí)在是找不到樣本信息文件sample.csv,也可以點(diǎn)擊下載讨惩。

把前面兩個(gè)步驟的兩個(gè)表(RunInfo Table 文件,樣本信息sample.csv)關(guān)聯(lián)起來寒屯,使用merge函數(shù)荐捻。

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